医院信息系统平台的架构设计应遵循以下原则：
1.基于医院信息化的现状，实现信息共享和业务协同，即医院信息平台的建设，不是推翻现有应用程序并对其进行重建的过程。相反，它基于现有的信息系统和系统数据，通过医院信息平台整合信息，实现系统之间的业务协作。
2.基于企业信息架构的层次化设计理念，根据企业信息架构理论和方法，分层设计医院信息平台，解决不同层次的不同问题。
3.覆盖医院信息系统建设的整个生命周期，不仅包括医院信息平台本身从技术角度的设计和构建，还包括项目管理、系统运维和相关信息安全保障体系。
4.全面支持与电子病历相关的业务规范和标准体系，在数据层面遵循"电子病历基本架构和数据标准"，这意味着医院信息平台上存储的电子病历数据符合本标准；遵守电子病历生成和使用的相关业务标准。
医院信息系统的总体架构设计分为9个部分，包括：
① 医院信息系统门户层；
② 医院信息系统应用层；
③ 医院信息系统服务层；
④ 医院信息系统信息资源层；
⑤ 医院信息系统信息交换层；
⑥ 医院业务应用层；
⑦ 信息基础设施层；
⑧ 信息标准体系、信息安全体系；
⑨ 系统运维管理。
其中，上层包括医院信息系统门户层、医院信息系统应用层、医院信息系统服务层、医院信息系统资源层和医院信息系统信息交换层，属于医院信息化平台的软件部分，主要服务于医院信息化系统应用集成的需求；医院业务应用层目前是医院的内部业务应用系统，是医院信息平台的基础；信息基础设施层，以及信息标准体系、信息安全体系和系统运维管理，为医院业务应用系统和医院信息平台服务。信息基础设施层主要服务于医院信息系统基础设施集成的需求。
医院信息系统的信息交换层主要用于满足医院级应用系统的互联互通要求；医院信息系统的信息资源层主要服务于建立全院患者主索引、建立全院电子病历、为医院信息的二次利用奠定数据基础、为患者提供公共服务、与外界联系的需要；医院信息平台的应用层包括基于医院信息平台信息资源层、医院信息平台服务层和医院信息平台交换层构建的医院级应用。
医院信息系统的架构包括四个层次：核心部分是医院信息系统和基于医院信息平台应用系统；医院信息平台集成了临床服务、医疗管理和运营管理的各种业务应用系统；医院信息平台与区域卫生信息平台外部连接。医院信息平台可进一步分为医院信息平台服务层和医院信息平台信息交换层。