初识Brainstorm(matlab)

Brainstorm是一款开源应用程序,专门用于分析脑部记录数据:MEG、EEG、fNIRS、ECoG、深部电极等。该应用程序免费,而且不需要Matlab许可证。Brainstorm主要优势是简单直观的图形界面,不需要任何编程知识。具体内容,可查看其官网:https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Introduction

准备工作:

首先,如果第一次下载使用,需要先在官网Download界面免费注册一下,需要填写个邮箱,用于激活,也比较简单。注册激活完成后,就可以下载软件了;

Software中,第一个是在matlab中执行,matlab版本建议>R2014b;第二个是无需matlab即可运行,但需要下载Matlab Runtime,可在如下链接https://ww2.mathworks.cn/products/compiler/matlab-runtime.html中下载(版本R2023a);(所有涉及版本可查看官网Installation界面中的要求,有详细描述)

这里我们使用第一个,下载后进行解压:(有篇文章介绍的是第二种,如有需要可进行查看https://blog.csdn.net/qq_40735196/article/details/133833530?spm=1001.2014.3001.5502)

在其他文件位置需要新建一个文件夹(不要建在brainstorm文件夹里),用于存放数据,会在第一次使用时,提示加载文件夹,如

开始使用:

打开matlab,路径选到解压的文件夹,在命令行中输入brainstorm,点击回车:

出现此界面,选择同意'I agree' :

提示第一次使用,需要创建一个文件夹,点击 '确定',选择,之前创建的brainstorm_db文件夹:

数据文件夹:

选择后,显示brainstorm主界面:

字体太小可更改,设置字体大小:File -> Edit preferences -> Interface scaling(%)

注:官网中有很多教程,以及数据案例,可供参考学习。分析功能也很多,可选择自己需要的。

下面,以一个预处理后.set格式数据,简单进行源分析:

进行源分析:头部建模 -> 噪声协方差矩阵 -> 源估计

首先,创建一个协议Protocol:File -> New protocol,点击Create :

创建一个被试Subject:选择Protocol02(anatomy)右键 -> New subject (或者File -> New subject),点击Save:

然后,数据选项卡,点击Subject01 -> Review raw file ->

选择数据,数据格式有还能多种,可供选择,选中数据(如:icawan01.set),点击 '打开' ,然后点击 'OK ' :

界面中,呈现一个头模型,位置不准确,需要进行电极定位,可关掉头界面:
脑电电极定位:选择EEGLAB channels(31)右键 -> Add EEG positions ICBM152 -> Generic -> ASA 10-20 94(加载的数据是31通道,所以选择了94,根据自己数据进行选择),弹框点击确定:

可查看:选择EEGLAB channels(31)右键 -> Display sensors -> EEG (Head)

头部建模: 选择EEGLAB channels(31)右键 -> Compute head model ,默认参数,点击 'OK ' :


弹框点击 'OK' ,显示下载OpenMEEG界面,进行下载即可: (时间有些长,耐心等待):

**运行结束,出现OpenMEEG BEM,计算协方差矩阵:**选择数据icawan01右键 -> Noise covariance -> No noise modeling:

源估计:选择Link to raw file右键-> Compute sources[2018]

参数设置,可根据官网介绍进行选择,这里进行了默认,点击 'OK' :

双击下方生成的模型: MN:EEG(Constr)2018,在图形上右键,选择EEG Recording:

可打开数据,进行时间显示设置:

注:官网中,还有很多教程,包括高级源分析方法,可进行学习。并且对每一项内容都有详细的介绍。

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