大模型tokenizer重构流程

大模型tokenizer层再训练（选取Qwen7B试验，重构token层）

最近公司可能想训练一个蛋白质大模型，需要了解一下大模型tokenizer重构，之后可能要训练，这里做了一定的总结。

文章目录

[1. 首先查看Qwen2.5 7B基本信息](#1. 首先查看Qwen2.5 7B基本信息)
[2. 重构tokenizer整体流程](#2. 重构tokenizer整体流程)
- [2.1 步骤一：准备语料](#2.1 步骤一：准备语料)
- [2.2 步骤二：训练 tokenizer](#2.2 步骤二：训练 tokenizer)
- [2.3 步骤三：替换原模型目录中的 3 个 tokenizer 文件](#2.3 步骤三：替换原模型目录中的 3 个 tokenizer 文件)
- [2.4 步骤四：加载 tokenizer，验证](#2.4 步骤四：加载 tokenizer，验证)
- [2.5 步骤五：加载、重构、保存模型](#2.5 步骤五：加载、重构、保存模型)
- - [加载模型 + 验证当前 embedding 尺寸](#加载模型 + 验证当前 embedding 尺寸)
  - [resize_token_embeddings(new_vocab_size) 调整维度](#resize_token_embeddings(new_vocab_size) 调整维度)
  - [保存新的模型权重 + tokenizer](#保存新的模型权重 + tokenizer)
- [2.6 步骤六：检查](#2.6 步骤六：检查)
[3. 构建tokenizer核心：选择分词算法](#3. 构建tokenizer核心：选择分词算法)
- [3.1 Word-level Tokenizer（词级分词器）](#3.1 Word-level Tokenizer（词级分词器）)
- [3.2 Character-level Tokenizer（字符级）](#3.2 Character-level Tokenizer（字符级）)
- [3.3 Byte-level Tokenizer（字节级）](#3.3 Byte-level Tokenizer（字节级）)
- [3.4 BPE (Byte Pair Encoding)](#3.4 BPE (Byte Pair Encoding))
- [3.5 WordPiece](#3.5 WordPiece)
- [3.6 Unigram Language Model（概率模型）](#3.6 Unigram Language Model（概率模型）)
- [3.7 SentencePiece（分词框架）](#3.7 SentencePiece（分词框架）)
- [3.8 Tiktoken（OpenAI 专用）](#3.8 Tiktoken（OpenAI 专用）)

1. 首先查看Qwen2.5 7B基本信息

复制代码

✅ Tokenizer 加载成功！

📌 类型: <class 'transformers.models.qwen2.tokenization_qwen2_fast.Qwen2TokenizerFast'>
📦 所使用的 tokenizer 文件: /home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2___5-7B
🧱 词表大小（vocab size）: 151643
🔢 特殊 token id: 
  [PAD]: <|endoftext|> -> id: 151643
  [BOS]: None -> id: None
  [EOS]: <|endoftext|> -> id: 151643
  [UNK]: None -> id: None

🧪 示例 token 编码：
Decoded: 你好，蛋白质
  'ä½łå¥½' -> 108386
  'ï¼Į' -> 3837
  'èĽĭçĻ½è´¨' -> 107151
Sliding Window Attention is enabled but not implemented for `sdpa`; unexpected results may be encountered.
Loading checkpoint shards: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 4/4 [00:08<00:00,  2.00s/it]

✅ 模型加载成功！
📐 Embedding 层形状: torch.Size([152064, 3584])
🔢 Embedding 参数数量: 544997376

📊 模型结构摘要：
Qwen2ForCausalLM(
  (model): Qwen2Model(
    (embed_tokens): Embedding(152064, 3584)
    (layers): ModuleList(
      (0-27): 28 x Qwen2DecoderLayer(
        (self_attn): Qwen2Attention(
          (q_proj): Linear(in_features=3584, out_features=3584, bias=True)
          (k_proj): Linear(in_features=3584, out_features=512, bias=True)
          (v_proj): Linear(in_features=3584, out_features=512, bias=True)
          (o_proj): Linear(in_features=3584, out_features=3584, bias=False)
        )
        (mlp): Qwen2MLP(
          (gate_proj): Linear(in_features=3584, out_features=18944, bias=False)
          (up_proj): Linear(in_features=3584, out_features=18944, bias=False)
          (down_proj): Linear(in_features=18944, out_features=3584, bias=False)
          (act_fn): SiLU()
        )
        (input_layernorm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
        (post_attention_layernorm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
      )
    )
    (norm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
    (rotary_emb): Qwen2RotaryEmbedding()
  )
  (lm_head): Linear(in_features=3584, out_features=152064, bias=False)
)

📦 模型总参数量: 7,615,616,512

✅ 分析结果

🔹 Tokenizer 分析：

项目	值	说明
Tokenizer 类	Qwen2TokenizerFast	使用 transformers 中快速实现，基于 tokenizer.model（SentencePiece）
词表大小	151643	表示 tokenizer 可用的 token 数量
[PAD] token	`<	endoftext
[EOS] token	`<	endoftext
[BOS] token	None	未定义，模型可能默认不需要
[UNK] token	None	未定义，可能使用 fallback 机制
示例编码	token 输出乱码	因为使用了 byte-level BPE，按字节切分后再 BPE，token 看似乱码但是正确的 UTF-8 字节表示

🔹 模型结构分析：

项目	值	说明
Embedding 大小	[152064, 3584]	vocab size（包括 special tokens）为 152064，hidden size 为 3584
层数	28	Transformer decoder 层数
隐藏维度（hidden size）	3584	词向量维度，也是注意力/FFN 输入输出维度
Attention 参数	KV projection 输出维度为 512	使用多头注意力 + 低秩投影（multi-query or grouped attention）优化推理速度
FFN维度（MLP）	18944	表示采用大容量前馈网络，约为 hidden size 的 5.3 倍
LayerNorm 类型	Qwen2RMSNorm	自定义 RMSNorm，代替标准 LayerNorm
Rotary Embedding	有	支持 RoPE，用于 position encoding
输出层（lm_head）维度	[3584, 152064]	最终投影到 vocab 空间用于生成预测

2. 重构tokenizer整体流程

步骤	操作	工具/说明
1	准备生物医药语料（每行一个样本）	protein.txt
2	使用 HuggingFace tokenizers 训练 tokenizer	输出 tokenizer.json / vocab.json / tokenizer_config.json
3	替换原模型目录中的 3 个 tokenizer 文件	cp *.json Qwen2.5-7B/
4	加载 tokenizer，验证 vocab size、分词逻辑	AutoTokenizer.from_pretrained(..., trust_remote_code=True)
5	加载模型，并执行 resize_token_embeddings()，重构embedding以及输出层，保存模型	自动调整 embedding + lm_head
6	检查 shape：model.get_input_embeddings().weight.shape 和 model.lm_head.weight.shape	应该都是 (padded_vocab_size, hidden_size)

2.1 步骤一：准备语料

由于现在没有语料数据，暂时构建伪数据，尝试跑通流程：

/home/liuzhao/tokenizer_construct/fack_data/protein_mock.txt

复制代码

MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQ
MKVIFLGAVIGTILLISYGIR
MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHGLFGRK
GAVAGVAGAAAKAAAKAAAKAA
MSTAVLGVLIFVGLVGMAAWTSRI
MAAAKAAAEAAAKAKAAAEAA
MEFVHLVYFGLVKGL
MNSFEMLRILGIIAASTLSLTI
MKAVLAGLVAVGLTVLAAAGA
MGGAVILFVLIGTFTALLAG

这 10 条伪序列涵盖了常见氨基酸字母（A、V、G、L、M、K、T、S、F、E...），不包含任何非法字符，适合 BPE/ByteLevel 分词训练。

2.2 步骤二：训练 tokenizer

分词算法

分词算法（Tokenization Algorithm）就是把原始文本（如"你好"或蛋白质序列）转换成模型能理解的离散符号（token）序列的过程。

它是大模型理解输入的第一步，决定了：

• 模型看到的"词"是啥？

• 每个 token 的 ID 是多少？

• 最终 embedding 层输入长什么样？

✅ 常见的分词算法一览（用于大语言模型 LLM）

分词算法	所属模型/特点	是否可训练	优点	缺点
Word-level	古早模型（Word2Vec）	❌ 预定义词表	简单直观	无法处理新词、词表爆炸
Character-level	GPT-Char、汉字模型	❌ 固定单字	不丢信息，适合小语种	序列过长，不压缩
Byte-level	GPT2、Qwen2	❌ 固定每个字节	跨语言统一处理	不压缩子词关系
BPE（Byte Pair Encoding）	GPT2、Qwen2、LLama	✅ 可训练	平衡词频、可学习	初始复杂，需 merge 文件
Unigram LM（SentencePiece）	T5、mT5	✅ 可训练	支持多种粒度	训练慢、实现复杂
WordPiece	BERT	✅ 可训练	词干拼接，较紧凑	不如 BPE 高效
Tiktoken	GPT-3.5 / 4（OpenAI）	❌ 固定预定义	极度高效	封闭，无法训练

✅ 举例：

用蛋白质序列构建自己的 tokenizer，然后替换 Qwen2.5 的原生 tokenizer。

🧬 你的输入语料：

复制代码

MVHLTPEEKSAVTALWGK...

这是蛋白质序列，由一串大写字母组成，每个字母表示一种氨基酸。

🧩 如果用不同分词算法会变成什么？

分词算法	分词结果	特点
Character-level	['M', 'V', 'H', 'L', 'T', ...]	每个氨基酸是一个 token
Byte-level BPE（你现在用的）	['M', 'V', 'H', 'L', 'T', 'PE', 'EKS', ...]	高频组合被合并为 token，压缩效果更好
Word-level	整句作为一个 token（不适用）	无法处理蛋白质
Tiktoken	['MV', 'HL', 'TP', 'EE', ...]（预定义）	可能会错误分割
SentencePiece（Unigram）	['MVHL', 'TP', 'EEKS']	基于语言概率构建，合并子序列更灵活

✅ 那么，分词算法的作用就是：

把一条「原始蛋白质序列」分解成适合模型使用的 token 序列，再将每个 token 映射成一个 ID，再送入 embedding 层中。

✅ ByteLevel BPE 有什么特别的？

ByteLevel BPE = Byte-level + BPE 合体

特性	说明
ByteLevel	文本按字节处理，支持各种字符集（中英文、特殊字符、符号、换行、空格）
BPE（可训练）	高频子词自动 merge，词表更精简，更适合短词/序列建模
优势	对蛋白质这种「结构性、定长、重复性高」的字符序列特别友好

所以我们说：

✅ ByteLevel BPE 是当前 LLM 中最通用、兼容性最强、训练效率高的分词方法之一。

✅ 选 ByteLevel BPE 的理由：

原因	说明
蛋白质本身是字符序列	天然适合 ByteLevel
子串重复率高（如 AVAVAV）	BPE merge 后可以变成一个 token，提升压缩效率
不需要复杂语义模型	不像自然语言，要解析句法
想替换大模型（Qwen2.5）的 tokenizer	Qwen2 就是用 ByteLevel BPE，所以兼容性满分 ✅

✅ 最终总结：

分词算法是模型输入的第一道大门，不同算法决定了模型"看到的单位"是词、子词、字节还是字符；而 ByteLevel BPE 是一种兼具高效、灵活、可训练的主流方法，适用于你构建蛋白质 tokenizer 的任务。

BPE流程

完整可视化 BPE 的合并（merge）过程，包括：

初始化状态；
每轮统计 + 合并；
最终得到词表（vocab）和合并规则（merges）。

✅ 示例文本语料：

我们用这个简单但有重复的英文短语做语料（共 4 条）：

复制代码

low lower lowest lowly

🧾 Step 1：初始化为字符级 token + <\w> 结尾标记

每个词都拆成字符 + 特殊符号表示词结束：

原始词	初始 token 序列
low	l o w
lower	l o w e r
lowest	l o w e s t
lowly	l o w l y

🔁 Step 2：统计频率最高的相邻 token 对

我们数一下所有相邻字符对出现的次数：

Token Pair	出现次数
(l, o)	4 ✅
(o, w)	4 ✅
(w, )	1
(w, e)	2
(e, r)	1
(e, s)	1
(s, t)	1
(w, l)	1
(l, y)	1

🔨 Step 3：合并频次最高的 pair

我们选中 ('l', 'o') → "lo"，进行第一次 merge。

更新所有词：

更新后 token	合并
lo w	l+o ✅
lo w e r	l+o ✅
lo w e s t	l+o ✅
lo w l y	l+o ✅

🔁 Step 4：继续迭代统计 + 合并

第 2 次 merge：

pair: ('lo', 'w') → "low"

更新后：

更新后 token
low
low e r
low e s t
low l y

第 3 次 merge：

pair: ('low', 'e') → "lowe"

更新：

复制代码

low </w>
lowe r </w>
lowe s t </w>
low l y </w>

第 4 次 merge：

pair: ('lowe', 'r') → "lower"

更新：

复制代码

low </w>
lower </w>
lower s t </w>
low l y </w>

第 5 次 merge：

pair: ('lower', 's') → "lowers"

更新：

复制代码

low </w>
lower </w>
lowers t </w>
low l y </w>

第 6 次 merge：

pair: ('lowers', 't') → "lowest"

更新：

复制代码

low </w>
lower </w>
lowest </w>
low l y </w>

第 7 次 merge：

pair: ('low', 'l') → "lowl"

然后再合并 ('lowl', 'y') → "lowly"

最终分词表：

原词	最终 token 序列
low → low
lower → lower
lowest → lowest
lowly → lowly

🎉 每个词都被压缩成一个 token（理想情况），这就是 BPE 的"学习高频组合"的本事。

📦 最终 vocab（词表）示意：

复制代码

{
  "l": 0,
  "o": 1,
  "w": 2,
  "e": 3,
  "r": 4,
  "s": 5,
  "t": 6,
  "y": 7,
  "</w>": 8,
  "lo": 9,
  "low": 10,
  "lowe": 11,
  "lower": 12,
  "lowers": 13,
  "lowest": 14,
  "lowl": 15,
  "lowly": 16
}

🪄 最终 merges.txt：

复制代码

l o
lo w
low e
lowe r
lower s
lowers t
low l
lowl y

每一行就是一轮 merge 的规则，按顺序合并。

🔎 总结一下流程：

步骤	说明
初始化	将词拆成字符，加词尾标记
多轮统计 + 合并	每轮合并出现频率最高的相邻 token
构建 merges.txt	合并记录即为 tokenizer 的"知识"
应用时分词	遇到相同子串时就能直接编码为 token，提高效率

构建tokenizer

python 复制代码

import os
import json
from tokenizers.implementations import ByteLevelBPETokenizer
from transformers import GPT2TokenizerFast

# === 配置路径 ===
input_file = "/home/liuzhao/tokenizer_construct/fack_data/protein_mock.txt"
output_dir = "/home/liuzhao/tokenizer_construct/new_tokenizer"
vocab_size = 512  # 小语料建议设置小一点

# === Step 1: 训练 ByteLevelBPE Tokenizer ===
tokenizer = ByteLevelBPETokenizer()

# 特殊 token（你可以根据自己需求添加）
special_tokens = ["<|endoftext|>", "<unk>", "<pad>"]

# 训练 tokenizer，生成 vocab.json + merges.txt
tokenizer.train(
    files=input_file,
    vocab_size=vocab_size,
    min_frequency=1,
    special_tokens=special_tokens,
)

# 创建输出目录
os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)

# 保存 vocab.json / merges.txt
tokenizer.save_model(output_dir)

# === Step 2: 写入 tokenizer_config.json，指定 tokenizer 类型为 GPT2 ===
tokenizer_config = {
    "model_type": "gpt2",  # 关键！明示为 GPT2-style，避免 tiktoken 报错
    "unk_token": "<unk>",
    "eos_token": "<|endoftext|>",
    "pad_token": "<pad>"
}

with open(os.path.join(output_dir, "tokenizer_config.json"), "w") as f:
    json.dump(tokenizer_config, f)

# === Step 3: 使用 GPT2TokenizerFast 加载 + 保存 HuggingFace 格式 ===
wrapped_tokenizer = GPT2TokenizerFast.from_pretrained(output_dir)
wrapped_tokenizer.save_pretrained(output_dir)

# === Step 4: 打印验证信息 ===
print(f"✅ Tokenizer 构建成功，已保存至 {output_dir}")
print(f"🧱 词表大小: {wrapped_tokenizer.vocab_size}")
print(f"🔤 示例分词: {wrapped_tokenizer.tokenize('MVHLTPEEKS')}")

输出：

复制代码

(tokenizer) root@420GP-252:/home/liuzhao/tokenizer_construct# python build_tokenizer.py 
[00:00:00] Pre-processing files (0 Mo)    █████████████████████████████████████████████████████████████████████                100%
[00:00:00] Tokenize words                 █████████████████████████████████████████████████████████████████████ 14       /       14
[00:00:00] Count pairs                    █████████████████████████████████████████████████████████████████████ 14       /       14
[00:00:00] Compute merges                 █████████████████████████████████████████████████████████████████████ 183      /      183
✅ Tokenizer 构建成功，已保存至 /home/liuzhao/tokenizer_construct/new_tokenizer
🧱 词表大小: 259
🔤 示例分词: ['M', 'V', 'H', 'L', 'T', 'P', 'E', 'E', 'K', 'S']

2.3 步骤三：替换原模型目录中的 3 个 tokenizer 文件

将生成的文件替换原来Qwen的tokenizer文件。

2.4 步骤四：加载 tokenizer，验证

python 复制代码

# check_tokenizer_replacement.py

from transformers import AutoTokenizer
import os

# 替换后的模型目录
tokenizer_dir = "/home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-change"

# 加载 tokenizer（关键：信任 remote_code）
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained(
    tokenizer_dir,
    trust_remote_code=True
)

# 打印基本信息
print("✅ Tokenizer 加载成功！\n")
print(f"📌 类型: {type(tokenizer)}")
print(f"📦 路径: {tokenizer.name_or_path}")
print(f"🧱 词表大小: {tokenizer.vocab_size}")

# 分词验证（用你熟悉的蛋白质序列）
test_text = "MVHLTPEEKS"
tokens = tokenizer.tokenize(test_text)
token_ids = tokenizer.convert_tokens_to_ids(tokens)
decoded = tokenizer.decode(token_ids)

print(f"\n🔤 分词结果: {tokens}")
print(f"🔢 Token IDs: {token_ids}")
print(f"🔁 解码还原: {decoded}")

输出：

复制代码

(tokenizer) root@420GP-252:/home/liuzhao/tokenizer_construct# python check_tokenizer_replacement.py 
✅ Tokenizer 加载成功！

📌 类型: <class 'transformers.models.gpt2.tokenization_gpt2_fast.GPT2TokenizerFast'>
📦 路径: /home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-change
🧱 词表大小: 259

🔤 分词结果: ['M', 'V', 'H', 'L', 'T', 'P', 'E', 'E', 'K', 'S']
🔢 Token IDs: [47, 56, 42, 46, 54, 50, 39, 39, 45, 53]
🔁 解码还原: MVHLTPEEKS

2.5 步骤五：加载、重构、保存模型

第 5 步：模型结构调整阶段。

✅ 第五步任务总目标：

让模型结构（特别是 embedding 层和输出层 lm_head）的维度，匹配你新 tokenizer 的词表大小（vocab_size），确保 forward 时不会报错或 shape mismatch。

🎯 第五步重新拆解为 3 个子任务（建议逐步执行）：

加载模型 + 验证当前 embedding 尺寸

项	内容
✅ 检查当前 embedding 层 Embedding(num_embeddings, hidden_size) 的维度
✅ 检查 lm_head 的输出维度是否一致
✅ 打印当前 vocab_size 与 tokenizer vocab 是否对齐

✅ 示例输出结构检查：

复制代码

print(model.model.embed_tokens.weight.shape)
print(model.lm_head.out_features)

resize_token_embeddings(new_vocab_size) 调整维度

复制代码

model.resize_token_embeddings(new_vocab_size)

调整的内容	说明
model.model.embed_tokens	embedding 层的 token 数变成新 vocab size（如 259）
model.lm_head	输出维度也会同步调整（transformers 自动处理）

保存新的模型权重 + tokenizer

• 保存为 Qwen2.5-7B-with-protein-tokenizer/

• 之后可以重新加载、微调或推理

复制代码

model.save_pretrained(output_dir)
tokenizer.save_pretrained(output_dir)

resize_model_embedding.py

python 复制代码

import os
from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM

# === 路径配置 ===
model_path = "/home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-change"
output_path = "/home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-with-protein-tokenizer"

# === Step 1: 加载 tokenizer 和模型 ===
print("📦 加载 tokenizer 和模型...")
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained(model_path, trust_remote_code=True)
model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(model_path, trust_remote_code=True)

print("✅ 加载完成！")
print(f"🔢 当前 tokenizer.vocab_size: {tokenizer.vocab_size}")
print(f"📐 原始 embedding 层形状: {model.model.embed_tokens.weight.shape}")
print(f"📐 原始 lm_head 输出形状: {model.lm_head.out_features}")

# === Step 2: 调整 embedding 和输出层大小 ===
print("\n🔧 执行 resize_token_embeddings ...")
model.resize_token_embeddings(tokenizer.vocab_size)

# 再次打印新形状
print(f"✅ 新 embedding 层形状: {model.model.embed_tokens.weight.shape}")
print(f"✅ 新 lm_head 输出形状: {model.lm_head.out_features}")

# === Step 3: 保存新模型和 tokenizer ===
print(f"\n💾 保存模型和 tokenizer 到: {output_path}")
os.makedirs(output_path, exist_ok=True)
model.save_pretrained(output_path)
tokenizer.save_pretrained(output_path)

print("\n🎉 完成！模型已保存并可用于推理或微调。")

输出：

复制代码

(tokenizer) root@420GP-252:/home/liuzhao/tokenizer_construct# python resize_model_embedding.py 
📦 加载 tokenizer 和模型...
Sliding Window Attention is enabled but not implemented for `sdpa`; unexpected results may be encountered.
Loading checkpoint shards: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████| 4/4 [00:05<00:00,  1.42s/it]
✅ 加载完成！
🔢 当前 tokenizer.vocab_size: 259
📐 原始 embedding 层形状: torch.Size([152064, 3584])
📐 原始 lm_head 输出形状: 152064

🔧 执行 resize_token_embeddings ...
✅ 新 embedding 层形状: torch.Size([259, 3584])
✅ 新 lm_head 输出形状: 259

💾 保存模型和 tokenizer 到: /home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-with-protein-tokenizer

🎉 完成！模型已保存并可用于推理或微调。

2.6 步骤六：检查

首先检查tokenizer以及模型：

复制代码

✅ Tokenizer 加载成功！

📌 类型: <class 'transformers.models.gpt2.tokenization_gpt2_fast.GPT2TokenizerFast'>
📦 所使用的 tokenizer 文件: /home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-with-protein-tokenizer
🧱 词表大小（vocab size）: 259
🔢 特殊 token id: 
  [PAD]: <pad> -> id: 2
  [BOS]: <|endoftext|> -> id: 0
  [EOS]: <|endoftext|> -> id: 0
  [UNK]: <unk> -> id: 1

🧪 示例 token 编码：
Decoded: 你好，蛋白质
  'ä' -> 163
  '½' -> 124
  'ł' -> 257
  'å' -> 164
  '¥' -> 101
  '½' -> 124
  'ï' -> 174
  '¼' -> 123
  'Į' -> 237
  'è' -> 167
  'Ľ' -> 252
  'ĭ' -> 236
  'ç' -> 166
  'Ļ' -> 250
  '½' -> 124
  'è' -> 167
  '´' -> 115
  '¨' -> 104
Sliding Window Attention is enabled but not implemented for `sdpa`; unexpected results may be encountered.
Loading checkpoint shards: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████| 6/6 [00:05<00:00,  1.13it/s]

✅ 模型加载成功！
📐 Embedding 层形状: torch.Size([259, 3584])
🔢 Embedding 参数数量: 928256

📊 模型结构摘要：
Qwen2ForCausalLM(
  (model): Qwen2Model(
    (embed_tokens): Embedding(259, 3584)
    (layers): ModuleList(
      (0-27): 28 x Qwen2DecoderLayer(
        (self_attn): Qwen2Attention(
          (q_proj): Linear(in_features=3584, out_features=3584, bias=True)
          (k_proj): Linear(in_features=3584, out_features=512, bias=True)
          (v_proj): Linear(in_features=3584, out_features=512, bias=True)
          (o_proj): Linear(in_features=3584, out_features=3584, bias=False)
        )
        (mlp): Qwen2MLP(
          (gate_proj): Linear(in_features=3584, out_features=18944, bias=False)
          (up_proj): Linear(in_features=3584, out_features=18944, bias=False)
          (down_proj): Linear(in_features=18944, out_features=3584, bias=False)
          (act_fn): SiLU()
        )
        (input_layernorm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
        (post_attention_layernorm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
      )
    )
    (norm): Qwen2RMSNorm((3584,), eps=1e-06)
    (rotary_emb): Qwen2RotaryEmbedding()
  )
  (lm_head): Linear(in_features=3584, out_features=259, bias=False)
)

📦 模型总参数量: 6,527,478,272

test_model_with_protein_tokenizer.py

python 复制代码

from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM
import torch

# === 路径配置 ===
model_path = "/home/liuzhao/models/Qwen/Qwen2.5-7B-with-protein-tokenizer"

# === Step 6.1: 加载 tokenizer 和模型 ===
print("📦 加载 tokenizer 和模型...")
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained(model_path, trust_remote_code=True)
model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(model_path, trust_remote_code=True)
model.eval()  # 推理用

print("✅ 加载完成！\n")

# === Step 6.2: 打印模型结构参数 ===
print(f"📌 Tokenizer 类型: {type(tokenizer)}")
print(f"🧱 词表大小: {tokenizer.vocab_size}")
print(f"📐 Embedding 层形状: {model.model.embed_tokens.weight.shape}")
print(f"📊 Transformer 层数: {len(model.model.layers)}")
print(f"📐 输出层形状 (lm_head): {model.lm_head.weight.shape}\n")

# === Step 6.3: 简单推理测试 ===
test_input = "MVHLTPEEKSAVTALWGKVNV"  # 一段蛋白质序列
inputs = tokenizer(test_input, return_tensors="pt")

print("🔍 输入 token IDs:", inputs["input_ids"][0].tolist())

# 推理（限制最大长度防止 OOM）
with torch.no_grad():
    outputs = model.generate(
        input_ids=inputs["input_ids"],
        max_new_tokens=20,
        do_sample=False
    )

# 解码输出
decoded = tokenizer.decode(outputs[0])
print("\n🧪 推理结果:")
print(decoded)

输出：

复制代码

(tokenizer) root@420GP-252:/home/liuzhao/tokenizer_construct# CUDA_VISIBLE_DEVICES=5 python test_model_with_protein_tokenizer.py 
📦 加载 tokenizer 和模型...
Sliding Window Attention is enabled but not implemented for `sdpa`; unexpected results may be encountered.
Loading checkpoint shards: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████| 6/6 [00:05<00:00,  1.03it/s]
✅ 加载完成！

📌 Tokenizer 类型: <class 'transformers.models.gpt2.tokenization_gpt2_fast.GPT2TokenizerFast'>
🧱 词表大小: 259
📐 Embedding 层形状: torch.Size([259, 3584])
📊 Transformer 层数: 28
📐 输出层形状 (lm_head): torch.Size([259, 3584])

🔍 输入 token IDs: [47, 56, 42, 46, 54, 50, 39, 39, 45, 53, 35, 56, 54, 35, 46, 57, 41, 45, 56, 48, 56]
The attention mask and the pad token id were not set. As a consequence, you may observe unexpected behavior. Please pass your input's `attention_mask` to obtain reliable results.
Setting `pad_token_id` to `eos_token_id`:151643 for open-end generation.
The attention mask is not set and cannot be inferred from input because pad token is same as eos token. As a consequence, you may observe unexpected behavior. Please pass your input's `attention_mask` to obtain reliable results.

🧪 推理结果:
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVGVGVGVGVGVGVGVGVGVGV

3. 构建tokenizer核心：选择分词算法

通过构建tokenizer的整体流程来看，核心其实是第二步：训练tokenizer。这一步设计到分词算法的选择。

✅ 常用分词算法总览表（用途 × 原理 × 特性 × 模型支持）

分词算法	是否可训练	是否支持 OOV	压缩能力	粒度	原理简介	常用模型/场景
Word-level	❌ 否	❌ 差	❌ 差	词	按空格分词，每个词是一个 token	Word2Vec（早期）、GloVe
Character-level	❌ 否	✅ 好	❌ 差	字/字符	每个字符是一个 token，无需词表	拼音、蛋白质、语音转写
Byte-level	❌ 否	✅ 很好	❌ 差	字节（UTF-8）	每个字符拆成 1-4 字节，再用 Byte 作为 token	OpenAI GPT 系列（GPT-3/4）、tiktoken
BPE (Byte Pair Encoding)	✅ 是	✅ 良好	✅ 高	子词	高频字符对合并，构造合成词单元	GPT2、LLama、Qwen、CodeGen
WordPiece	✅ 是	✅ 良好	✅ 一般	子词	最大匹配 + 子词合并	BERT、ALBERT
Unigram Language Model	✅ 是	✅ 最好	✅ 很高	子词	训练一个概率模型，保留最优子词集	T5、mT5、XLM-R、SentencePiece
SentencePiece (框架)	✅ 是	✅ 强	✅ 强	子词/字节	支持 Unigram/BPE/Char/Byte 等算法	Google 系列、跨语种任务
Tiktoken	❌ 否	✅ 固定词表	✅ 非常高	字节	OpenAI 内部算法，压缩+速度双优	GPT-3.5、GPT-4（不可训练）

3.1 Word-level Tokenizer（词级分词器）

原理：按空格或分隔符将文本切分为完整词语。

优点：

直观易理解

缺点：

词表庞大，难以覆盖 OOV（未登录词）

无法泛化：如"play"和"played"是两个不同词

常见模型：Word2Vec、GloVe（早期传统方法）

3.2 Character-level Tokenizer（字符级）

原理：将每个字符（如汉字、英文字母、氨基酸等）当作一个 token。

优点：

完全无 OOV 问题

极细粒度，适合结构化序列（如蛋白质）

缺点：

序列太长，建模成本高

应用：蛋白质序列、拼音建模、小语种处理

3.3 Byte-level Tokenizer（字节级）

原理：将文本按 UTF-8 字节编码，每个字节为一个 token，共 256 种。

优点：

无语言依赖，支持所有字符

与 GPT2、OpenAI 模型兼容性好

缺点：

不会做词级压缩（每个 token 都很短）

代表实现：GPT2、Qwen2、OpenAI 的 Tiktoken

3.4 BPE (Byte Pair Encoding)

原理：

从字符出发，按频率合并最常出现的 token 对，逐步构造子词

优点：

可训练

高压缩比，子词有语义组合能力

高效通用，适用于各种语种和符号结构

缺点：

只考虑合并频率，缺少语言建模概率

应用模型：GPT2、LLama、Qwen、CodeGen、RoBERTa（BPE with space）

3.5 WordPiece

原理：

按最大匹配方式将词拆解成子词，子词带 ## 前缀表示后缀部分

优点：

控制好拆分与组合平衡，稳定性强

缺点：

构建过程比 BPE 更复杂

常见模型：BERT、ALBERT、DistilBERT、Electra

3.6 Unigram Language Model（概率模型）

原理：

从一大批子词候选集中，选择能最优压缩文本概率的子词集合

每个词有多种拆分路径，选择最优的

优点：

最灵活可控、最适配多语种场景

缺点：

构建耗时较长，训练复杂

常见模型：T5、mT5、XLM-R、Google 系列

3.7 SentencePiece（分词框架）

本质是框架，支持以下算法：

✅ Unigram（默认）

✅ BPE

✅ Character

✅ Byte

支持无空格语言（如中文、日文）

常见于 Google / multilingual 模型

3.8 Tiktoken（OpenAI 专用）

• 原理：压缩优化过的 UTF-8 字节映射 + 快速查表

• 特点：

• 封闭系统，无法训练

• 提供极高推理效率和兼容性

• 常见模型：GPT-3.5、GPT-4（不可替换）

支持自训练的分词算法有哪些？

可自训练？	算法
✅ 可以	BPE, Unigram, WordPiece, SentencePiece
❌ 固定	Char-level, Byte-level, Tiktoken