R语言操作n

1.加载安装vegan包

2.查看data(varechem)和data(varespec),探索其维度和结构

3.基于varespec构建物种互作网络,输出gml文件并采用gephi可视化为图片,输出pdf,阈值为r>0.6,p<0.05

4.基于varespec和varechem构建物种-环境互作网络,输出gml文件并采用gephi可视化为图片,输出pdf,阔值为r>0.6,p<0.05

r 复制代码
# 1
install.packages("vegan")
library(vegan)

# 2
data(varechem)
data(varespec)
dim(varechem)
dim(varespec)
str(varechem)
str(varespec)

# 3
install.packages(c("Hmisc", "igraph"))
library(Hmisc)
library(igraph)
cor_spec <- rcorr(as.matrix(varespec), type = "pearson")
species <- colnames(varespec)
edges <- data.frame()
for (i in 1:(ncol(varespec)-1)) {
  for (j in (i+1):ncol(varespec)) {
    r_val <- cor_spec$r[i, j]
    p_val <- cor_spec$P[i, j]
    if (abs(r_val) > 0.6 && p_val < 0.05) {
      edges <- rbind(edges, data.frame(from = species[i], to = species[j]))
    }
  }
}
g <- graph_from_data_frame(edges, directed = FALSE)
write_graph(g, "species_network.gml", format = "gml")

# 4
library(psych)
cor_env_spec <- corr.test(varespec, varechem, method = "pearson", adjust = "none")
edges_env <- data.frame()
env_vars <- colnames(varechem)
for (i in 1:ncol(varespec)) {
  for (j in 1:ncol(varechem)) {
    r_val <- cor_env_spec$r[i, j]
    p_val <- cor_env_spec$p[i, j]
    if (abs(r_val) > 0.6 && p_val < 0.05) {
      edges_env <- rbind(edges_env, data.frame(from = species[i], to = env_vars[j]))
    }
  }
}
nodes_env <- data.frame(name = c(species, env_vars),
                        type = c(rep("species", length(species)),
                                 rep("environment", length(env_vars))))
g_env <- graph_from_data_frame(edges_env, directed = FALSE, vertices = nodes_env)
write_graph(g_env, "species_env_network.gml", format = "gml")

gephi安装网址

相关推荐
没有梦想的咸鱼185-1037-166334 分钟前
【大模型ChatGPT+R-Meta】AI赋能R-Meta分析核心技术:从热点挖掘到高级模型、助力高效科研与论文发表“
人工智能·随机森林·机器学习·chatgpt·数据分析·r语言
没有梦想的咸鱼185-1037-166320 小时前
回归分析丨基于R语言复杂数据回归与混合效应模型【多水平/分层/嵌套】技术与代码
数据挖掘·数据分析·回归·r语言
刘婉晴3 天前
【环境配置】Mac电脑安装运行R语言教程 2025年
开发语言·macos·r语言
Tiger Z3 天前
R 语言科研绘图第 43 期 --- 桑基图-冲击
开发语言·r语言·贴图
zoujiahui_20183 天前
R中实现数值求导的包numDeriv
r语言
生信研究猿4 天前
数据集下载(AER 和causaldata R包)
r语言·数据集
Chh07156 天前
《R语言SCI期刊论文绘图专题计划》大纲
开发语言·r语言
Tiger Z7 天前
R 语言科研绘图第 41 期 --- 桑基图-基础
开发语言·r语言·贴图
jerry2011088 天前
R语言之rjava版本不匹配解决方法
开发语言·r语言