CV 医学影像分类、分割、目标检测,之【腹腔多器官语义分割】项目拆解
- [第1行:`import os`](#第1行:
import os
)- [第2-3行:`import math` 和 `import numpy as np`](#第2-3行:
import math
和import numpy as np
)- [第4行:`import glob`](#第4行:
import glob
)- 第5-7行:pandas、matplotlib、PIL导入
- [第8-9行:`import random` 和 `import time`](#第8-9行:
import random
和import time
)- [第10行:`import cv2`](#第10行:
import cv2
)- 第11-13行:PyTorch相关导入
- 第14-15行:数据加载相关
- 第17行:`path='./data/CHAOS_Train/Train_Sets/MR/'`
- 第18行:`dirs=glob.glob(path+'*')`
- 第19-20行:初始化路径列表
- [第21行:`for i in dirs:`](#第21行:
for i in dirs:
)- 第22-23行:构建具体路径
- 第24-29行:收集文件路径
- 第30-32行:检查结果
- 第34-37行:读取DICOM文件
- 第38-40行:显示图像
- 第42-45行:读取掩码图像
- 第46行:`np.unique(cv2.imread(mask_path[25]))`
- 第48-52行:分析掩码结构
- 第53-60行:定义像素值映射
- 第62-72行:像素值转换函数
- 第74-76行:测试转换函数
- 第78-83行:定义图像变换
- 第87-88行:定义数据集类
- 第89-93行:初始化参数
- 第94行:定义获取单个样本的方法
- 第95-97行:获取文件路径
- 第99-102行:读取DICOM图像
- 第103-105行:转换为PIL并应用变换
- 第107-109行:读取掩码图像
- 第110-112行:掩码像素值转换
- 第113-116行:掩码变换处理
- 第117-120行:转换为张量
- 第122-125行:注释掉的代码
- 第126行:返回样本
- 第128-130行:定义数据集长度
- 第133-137行:数据集分割
- 第139-140行:创建数据集对象
- 第141行:检查数据集大小
- 第143-144行:创建数据加载器
- 第146-147行:测试数据加载
- 第149-150行:再次测试并检查标签
- 第153-162行:可视化数据
- 第164行:导入分割模型库
- 第166-171行:创建UNet模型
- 第173-175行:测试模型输出
- 第178行:模型移至GPU
- 第181行:定义损失函数
- 第183行:定义优化器
- 第185行:导入进度条库
- 第186行:定义训练函数
- 第187-190行:初始化训练指标
- 第192行:设置训练模式
- 第193行:开始训练循环
- 第195-196行:数据移至GPU
- 第197-201行:计算损失和反向传播
- 第202行:开始无梯度计算
- 第203-206行:计算预测类别和准确率
- 第208-211行:计算IoU指标
- 第213-214行:计算训练指标
- 第217-219行:初始化测试指标
- 第221行:设置评估模式
- 第222行:测试时的无梯度计算
- 第223-230行:测试循环(与训练类似)
- 第232-235行:计算测试IoU
- 第238-239行:计算测试平均指标
- 第242-250行:打印训练结果
- 第252行:返回指标
- 第255行:设置训练轮数
- 第257-260行:初始化记录列表
- 第262-270行:主训练循环
- 第272-274行:获取测试批次
- 第275-277行:模型预测
- 第279-285行:处理预测结果
- 第287-295行:可视化预测结果
- 第297-311行:测试集可视化(重复代码)
- 总结性问题

第1行:import os
问1:为什么要导入os?
答1:os是操作系统接口模块,用来与文件系统交互。
问2:文件系统交互具体指什么?
答2:读取文件路径、列出目录内容、检查文件是否存在等操作。
问3:在这个医学项目中,os主要用来做什么?
答3:遍历CHAOS数据集的文件夹结构,找到所有的医学图像和标注文件。
问4:CHAOS数据集是什么?
答4:一个肝脏CT/MRI医学图像分割竞赛的数据集,包含原始图像和对应的分割标注。
第2-3行:import math
和 import numpy as np
问5:math和numpy都是数学库,为什么要导入两个?
答5:math处理基础数学函数(如sqrt、sin),numpy处理数组和矩阵运算。
问6:在图像处理中,为什么数组运算这么重要?
答6:因为图像本质上就是数值矩阵,每个像素都是数值。
问7:医学图像和普通照片在数据结构上有什么区别?
答7:医学图像通常是灰度图(单通道),普通照片是RGB彩色图(三通道)。
第4行:import glob
问8:glob是做什么的?
答8:用通配符模式匹配文件路径,比如找到所有以某种格式结尾的文件。
问9:为什么不直接用os.listdir()?
答9:glob可以用*、?等通配符进行复杂的模式匹配,更灵活。
问10:在这个项目中,glob具体会匹配什么?
答10:匹配CHAOS数据集中所有患者文件夹的路径。
第5-7行:pandas、matplotlib、PIL导入
问11:为什么需要这么多不同的库?
答11:每个库都有专门用途:pandas处理表格数据,matplotlib绘图,PIL处理图像。
问12:PIL的Image和cv2都能处理图像,为什么要用两个?
答12:PIL擅长基础图像操作,cv2(OpenCV)擅长计算机视觉算法,各有所长。
问13:在医学图像中,可视化为什么重要?
答13:医生和研究者需要直观看到分割结果,判断算法是否正确识别了器官边界。
第8-9行:import random
和 import time
问14:在机器学习中为什么需要random?
答14:用于数据打乱、随机采样、权重初始化等,保证训练的随机性。
问15:随机性对模型训练有什么好处?
答15:防止模型记住数据顺序,提高泛化能力,避免过拟合。
问16:time模块在这里的作用是什么?
答16:可能用于记录训练时间、设置随机种子、或者控制程序执行节奏。
问17:为什么要控制训练的随机性?
答17:既要保证随机性带来的好处,又要保证实验结果可重现。
第10行:import cv2
问18:cv2是什么的缩写?
答18:OpenCV 2,一个强大的计算机视觉库。
问19:OpenCV在医学图像处理中有什么特殊优势?
答19:提供了丰富的图像预处理、形态学操作、边缘检测等算法。
问20:为什么医学图像需要特殊的预处理?
答20:医学图像通常有噪声、对比度低、需要标准化等问题。
问21:OpenCV和PIL在功能上有什么本质区别?
答21:PIL偏向基础图像操作,OpenCV偏向算法实现和性能优化。
第11-13行:PyTorch相关导入
python
import torch
import torch.nn as nn
import torch.nn.functional as F
问22:PyTorch是什么?
答22:一个深度学习框架,用于构建和训练神经网络。
问23:为什么选择PyTorch而不是TensorFlow?
答23:PyTorch更灵活、调试友好,特别适合研究和原型开发。
问24:torch.nn是做什么的?
答24:提供神经网络的基础组件,如卷积层、全连接层等。
问25:nn和functional有什么区别?
答25:nn提供有状态的层(有参数),functional提供无状态的函数。
问26:在医学图像分割中,为什么要用深度学习?
答26:传统方法难以处理复杂的器官形状和边界,深度学习能自动学习特征。
第14-15行:数据加载相关
python
from torch.utils.data import Dataset, DataLoader
from torchvision import transforms
问27:Dataset和DataLoader的作用分别是什么?
答27:Dataset定义数据的获取方式,DataLoader负责批量加载和打乱数据。
问28:为什么要分批次(batch)加载数据?
答28:内存限制、梯度计算稳定性、并行计算效率。
问29:transforms是做什么的?
答29:对图像进行预处理变换,如缩放、归一化、数据增强等。
问30:医学图像的transforms和自然图像有什么不同?
答30:医学图像不能随意旋转(会改变解剖结构),需要保持空间关系的准确性。
第17行:path='./data/CHAOS_Train/Train_Sets/MR/'
问31:这个路径结构告诉我们什么信息?
答31:这是CHAOS数据集的MR(磁共振)图像训练集路径。
问32:MR是什么意思?
答32:Magnetic Resonance,磁共振成像,一种医学成像技术。
问33:为什么要区分Train_Sets?
答33:机器学习需要将数据分为训练集、验证集、测试集。
问34:./data/表示什么?
答34:当前目录下的data文件夹,.表示当前目录。
问35:为什么用相对路径而不是绝对路径?
答35:相对路径更灵活,代码在不同环境下都能运行。
第18行:dirs=glob.glob(path+'*')
问36:path+'*'这个表达式的含义是什么?
答36:在路径后加通配符*,匹配该路径下的所有子目录。
问37:glob.glob()返回什么类型的数据?
答37:返回一个列表,包含所有匹配的路径字符串。
问38:为什么要获取所有子目录?
答38:每个子目录代表一个患者的数据,需要遍历所有患者。
问39:CHAOS数据集的目录结构是怎样的?
答39:每个患者一个文件夹,文件夹内包含不同序列的图像和标注。
第19-20行:初始化路径列表
python
img_path=[]
mask_path=[]
问40:为什么要分别存储图像路径和掩码路径?
答40:训练需要成对的输入图像和标注掩码,分开存储便于配对。
问41:什么是掩码(mask)?
答41:标注图像,每个像素标记该位置属于哪个器官或组织。
问42:在医学图像分割中,掩码通常包含什么信息?
答42:不同的像素值代表不同的组织类别,如肝脏、肾脏、背景等。
问43:空列表[]的作用是什么?
答43:初始化容器,后续用append()方法添加路径。
第21行:for i in dirs:
问44:这个循环在做什么?
答44:遍历每个患者的文件夹,提取其中的图像和标注文件。
问45:变量i代表什么?
答45:代表每个患者文件夹的完整路径。
问46:为什么要用for循环而不是其他方式?
答46:需要对每个患者文件夹进行相同的操作,循环是最自然的方式。
问47:dirs中大概会有多少个元素?
答47:取决于数据集大小,可能是几十到几百个患者文件夹。
第22-23行:构建具体路径
python
img_dir=i+'/T2SPIR/DICOM_anon'
mask_dir=i+'/T2SPIR/Ground'
问48:T2SPIR是什么意思?
答48:T2 SPIR是一种MRI序列,T2加权抑制脂肪信号的成像方式。
问49:DICOM_anon中的anon代表什么?
答49:anonymous,匿名化,去除了患者身份信息的DICOM文件。
问50:为什么要匿名化医学数据?
答50:保护患者隐私,符合医学数据使用的伦理和法律要求。
问51:Ground在这里是什么意思?
答51:Ground truth,真实标注,专家手动标记的正确答案。
问52:为什么叫Ground truth?
答52:ground表示基础、真实,truth表示真相,即最可靠的标准答案。
第24-29行:收集文件路径
python
for file in os.listdir(img_dir):
img=img_dir+'/{}'.format(file)
img_path.append(img)
for file in os.listdir(mask_dir):
mask=mask_dir+'/{}'.format(file)
mask_path.append(mask)
问53:os.listdir()和glob.glob()有什么区别?
答53:listdir()列出目录中的所有文件名,glob()用模式匹配特定文件。
问54:'{}'.format(file)是什么语法?
答54:Python字符串格式化,将file变量插入到{}位置。
问55:为什么用format而不直接用+连接?
答55:format更清晰、可读性更好,特别是多个变量时。
问56:img_path.append(img)在做什么?
答56:将完整的图像文件路径添加到列表末尾。
问57:为什么要收集所有文件路径而不是直接处理?
答57:先收集路径便于后续随机打乱、分割训练测试集等操作。
问58:这种嵌套循环的时间复杂度是多少?
答58:O(n*m),n是患者数,m是每个患者的平均图像数。
第30-32行:检查结果
python
mask_path
len(img_path)
问59:为什么要打印mask_path?
答59:检查路径收集是否正确,这是调试代码的常见做法。
问60:len(img_path)能告诉我们什么信息?
答60:总共有多少张图像,用于验证数据集大小。
问61:为什么要检查数据集大小?
答61:确保数据加载正确,防止路径错误导致数据丢失。
问62:在Jupyter中,单独一行变量名会发生什么?
答62:会直接显示变量内容,相当于print()。
第34-37行:读取DICOM文件
python
import pydicom
from pydicom import dcmread
im=pydicom.read_file(img_path[25])
img_array=im.pixel_array
问63:pydicom是什么?
答63:专门用于读取和处理DICOM医学图像格式的Python库。
问64:DICOM格式有什么特殊性?
答64:不仅包含图像数据,还有患者信息、扫描参数等元数据。
问65:为什么选择index[25]?
答65:随机选择一个样本进行测试,25只是一个任意的索引值。
问66:pixel_array属性包含什么?
答66:图像的像素值矩阵,通常是numpy数组格式。
问67:医学图像的像素值范围通常是多少?
答67:取决于成像设备,CT通常-1000到3000,MRI变化较大。
第38-40行:显示图像
python
plt.imshow(img_array,cmap='gray')
img_array
问68:cmap='gray'的作用是什么?
答68:使用灰度色彩映射,因为医学图像通常是单通道灰度图。
问69:为什么医学图像多用灰度而不是彩色?
答69:医学成像设备记录的是组织密度等物理特性,天然是单一数值。
问70:plt.imshow()和cv2.imshow()有什么区别?
答70:plt用于静态显示和保存,cv2用于实时显示和交互。
问71:为什么要在Jupyter中显示图像?
答71:直观检查数据质量,确保图像读取正确。
第42-45行:读取掩码图像
python
mask=Image.open(mask_path[25])
plt.imshow(mask,cmap='gray')
im=cv2.imread(mask_path[255])
np.max(cv2.imread(mask_path[22]))
问72:为什么掩码用Image.open而图像用pydicom?
答72:原始图像是DICOM格式需要专门库,掩码通常是PNG/JPG等标准格式。
问73:为什么要检查不同index的掩码?
答73:验证数据一致性,确保每个样本的掩码都正常。
问74:np.max()用来检查什么?
答74:查看掩码中的最大像素值,了解有多少个分类。
问75:掩码图像的像素值有什么特殊含义?
答75:每个像素值代表一个类别,如0=背景,1=肝脏,2=肾脏等。
第46行:np.unique(cv2.imread(mask_path[25]))
问76:np.unique()的作用是什么?
答76:返回数组中的唯一值,去除重复元素。
问77:为什么要查看掩码的唯一值?
答77:了解数据集中有哪些类别,每个类别用什么数值表示。
问78:这对后续模型设计有什么影响?
答78:决定模型输出通道数,需要与类别数量匹配。
问79:如果掩码中有意外的像素值怎么办?
答79:可能是标注错误或数据损坏,需要清理数据。
第48-52行:分析掩码结构
python
mask=Image.open(mask_path[25])
aa=np.array(mask)
ak=np.unique(aa)
ak
# x=torch.from_numpy(aa)
问80:为什么要将PIL图像转换为numpy数组?
答80:numpy提供更丰富的数组操作功能,便于数据分析。
问81:注释掉的torch.from_numpy()说明什么?
答81:作者在尝试不同的数据转换方式,这是开发过程的痕迹。
问82:为什么不直接用torch处理图像?
答82:numpy在数据预处理阶段更方便,torch主要用于模型训练。
问83:变量名aa、ak看起来随意,这样好吗?
答83:临时变量可以简短,但关键变量应该有意义的命名。
第53-60行:定义像素值映射
python
# 0, 63, 126, 189 252
idx={
'0':0,
'63':1,
'126':2,
'189':3,
'252':4,
}
问84:为什么要进行像素值映射?
答84:将原始的任意像素值转换为连续的类别ID(0,1,2,3,4)。
问85:为什么类别ID要从0开始连续?
答85:深度学习模型通常要求类别标签是连续整数,便于计算损失函数。
问86:字典的键为什么是字符串?
答86:后续代码将像素值转为字符串进行映射,保持数据类型一致。
问87:这5个类别分别代表什么?
答87:通常0是背景,1-4是不同的器官或组织区域。
问88:如果遇到字典中没有的像素值会怎样?
答88:会抛出KeyError异常,说明数据中有意外值需要处理。
第62-72行:像素值转换函数
python
def pixel_to_Id(array):
ix,jx=array.shape
array=array.astype(str)
for i in range(ix):
for j in range(jx):
pixel=array[i][j]
pixelid=idx[pixel]
array[i][j]=pixelid
array=array.astype("int32")
return array
问89:ix,jx=array.shape在做什么?
答89:获取数组的高度和宽度,ix是行数,jx是列数。
问90:为什么要先转换为字符串?
答90:因为字典的键是字符串,需要类型匹配才能查找。
问91:双重for循环遍历每个像素的效率如何?
答91:效率较低,numpy的向量化操作会更快。
问92:为什么最后要转换为int32?
答92:深度学习模型的标签通常需要整数类型,int32是常用格式。
问93:这个函数有什么潜在问题?
答93:直接修改原数组、效率低、异常处理不足。
问94:有没有更好的实现方式?
答94:可以用numpy的向量化操作或者预先构建映射表。
第74-76行:测试转换函数
python
ax=pixel_to_Id(aa)
np.unique(ax)
问95:为什么要测试转换函数?
答95:验证像素值映射是否正确,确保所有值都转换为期望的类别ID。
问96:ax变量名的含义是什么?
答96:可能是array transformed的缩写,表示转换后的数组。
问97:期望看到什么结果?
答97:应该看到[0,1,2,3,4]这样的连续整数,对应5个类别。
问98:如果结果不是期望值说明什么?
答98:可能原始数据有问题,或者映射字典不完整。
第78-83行:定义图像变换
python
img_transformer=transforms.Compose([
transforms.Resize((256,256)),
transforms.ToTensor(),
])
label_transformer=transforms.Compose([
transforms.Resize((256,256)),
])
问99:transforms.Compose的作用是什么?
答99:将多个变换操作串联起来,按顺序依次执行。
问100:为什么要Resize到(256,256)?
答100:统一图像尺寸,便于批量处理,256是常用的2的幂次方尺寸。
问101:ToTensor()做了什么?
答101:将PIL图像或numpy数组转换为PyTorch张量,并归一化到[0,1]。
问102:为什么图像和标签的变换不同?
答102:图像需要归一化,标签保持原始像素值不变。
问103:标签为什么不用ToTensor()?
答103:ToTensor()会改变数值范围,标签需要保持精确的类别值。
问104:256x256的分辨率对医学图像够用吗?
答104:取决于任务需求,分割任务通常需要更高分辨率保持细节。
第87-88行:定义数据集类
python
class Liverdataset(Dataset):
def __init__(self,img,mask,transformer,label_tranformer):
问105:为什么要继承Dataset类?
答105:PyTorch的标准做法,提供统一的数据加载接口。
问106:类名Liverdataset说明什么?
答106:这是专门处理肝脏分割数据的数据集类。
问107:__init__方法的作用是什么?
答107:初始化对象,存储图像路径、掩码路径和变换操作。
问108:为什么要传入transformer?
答108:不同阶段可能需要不同的数据增强,保持灵活性。
问109:label_tranformer拼写错误说明什么?
答109:代码可能是快速原型,没有仔细检查拼写。
第89-93行:初始化参数
python
self.img=img
self.mask=mask
self.transformer=transformer
self.label_tranformer=label_tranformer
问110:self关键字的作用是什么?
答110:指向当前对象实例,用于存储和访问对象属性。
问111:为什么要将参数赋值给self?
答111:使得这些参数在整个类中都可以访问和使用。
问112:这种设计模式叫什么?
答112:构造函数模式,用于初始化对象状态。
问113:如果不用self会怎样?
答113:参数只在__init__方法内有效,其他方法无法访问。
第94行:定义获取单个样本的方法
python
def __getitem__(self,index):
问114:__getitem__是什么特殊方法?
答114:Python的魔法方法,使对象支持索引操作,如dataset[0]。
问115:PyTorch为什么需要这个方法?
答115:DataLoader需要通过索引获取单个样本来构建批次。
问116:index参数代表什么?
答116:要获取的样本在数据集中的索引位置。
问117:这个方法应该返回什么?
答117:应该返回一个样本的输入图像和对应标签。
第95-97行:获取文件路径
python
img=self.img[index]
mask=self.mask[index]
问118:这里的img和mask是什么类型?
答118:是字符串类型的文件路径。
问119:为什么要用index索引?
答119:根据给定索引获取对应的图像和掩码文件路径。
问120:如果index超出范围会怎样?
答120:会抛出IndexError异常,需要确保index有效。
问121:为什么不直接在init中加载所有图像?
答121:节省内存,只在需要时才加载具体图像。
第99-102行:读取DICOM图像
python
img_open=pydicom.read_file(img)
img_arrayR=img_open.pixel_array
img_arrayR = np.array(img_arrayR, dtype=np.float32)
###读取为PIL
问122:为什么要转换为float32?
答122:深度学习通常用float32,提供足够精度且节省内存。
问123:img_arrayR中的R代表什么?
答123:可能表示Raw(原始),区别于后续处理的版本。
问124:注释###读取为PIL说明什么?
答124:作者在标记代码功能,便于理解处理流程。
问125:为什么医学图像要用float32而不是uint8?
答125:医学图像动态范围大,uint8可能损失精度。
第103-105行:转换为PIL并应用变换
python
img_arrayPIC=Image.fromarray(img_arrayR)
#转换resize
img_tensor=self.transformer(img_arrayPIC)##resize
问126:为什么要转换为PIL格式?
答126:torchvision的transforms主要设计用于PIL图像。
问127:fromarray()需要什么类型的输入?
答127:需要numpy数组,且数值范围要适合图像格式。
问128:float32数组能直接转换为PIL吗?
答128:需要先归一化到合适范围,通常是[0,255]或[0,1]。
问129:注释##resize说明什么?
答129:作者标记这一步主要是为了调整图像尺寸。
第107-109行:读取掩码图像
python
###读取图片
mask_open=Image.open(mask)
mask_array=np.array(mask_open)
问130:为什么掩码用Image.open而不是pydicom?
答130:掩码通常保存为标准图像格式(PNG/TIFF),不是DICOM。
问131:掩码的数据类型通常是什么?
答131:通常是uint8,值在0-255范围内表示不同类别。
问132:为什么注释写的是"读取图片"而不是"读取掩码"?
答132:可能是复制粘贴导致的不准确注释。
第110-112行:掩码像素值转换
python
###矩阵像素转label
mask_pixel_to_id=pixel_to_Id(mask_array)
###读取为PIL
问133:为什么要进行像素值转换?
答133:将原始的像素值映射为连续的类别ID。
问134:这个转换的必要性在哪里?
答134:深度学习的交叉熵损失函数要求标签是连续整数。
问135:转换后的数据类型是什么?
答135:根据前面的函数定义,应该是int32。
第113-116行:掩码变换处理
python
mask_label=Image.fromarray(mask_pixel_to_id)
##reisze
mask_label=self.label_tranformer(mask_label)
mask_label=np.array(mask_label)
问136:为什么掩码也要转换为PIL?
答136:使用相同的transforms接口进行尺寸调整。
问137:掩码resize时需要注意什么?
答137:要用最近邻插值,避免产生新的类别值。
问138:为什么要转回numpy数组?
答138:便于后续转换为PyTorch张量。
问139:这种PIL→numpy→PIL→numpy的转换效率如何?
答139:效率较低,理想情况下应该减少格式转换次数。
第117-120行:转换为张量
python
#numpy tensor
mask_tensor=torch.from_numpy(mask_label)
mask_tensor=torch.squeeze(mask_tensor).type(torch.long)
问140:torch.from_numpy()的作用是什么?
答140:将numpy数组转换为PyTorch张量,共享内存。
问141:torch.squeeze()做了什么?
答141:移除尺寸为1的维度,如(1,256,256)变成(256,256)。
问142:为什么要转换为torch.long?
答142:交叉熵损失函数要求标签是长整型(int64)。
问143:共享内存意味着什么?
答143:张量和原数组指向同一块内存,修改一个会影响另一个。
第122-125行:注释掉的代码
python
# mask_tensor=self.transformer(mask_open)
# mask_tensor=torch.squeeze(mask_tensor)
问144:为什么这部分代码被注释掉了?
答144:作者尝试了不同的处理方式,这是之前的实现版本。
问145:这种处理方式有什么问题?
答145:直接对掩码应用图像变换可能会改变像素值,破坏类别信息。
问146:保留注释代码的意义是什么?
答146:记录开发过程,便于回溯和比较不同方案。
问147:在生产代码中应该如何处理这种情况?
答147:应该删除无用代码,保持代码整洁,或用版本控制系统管理。
第126行:返回样本
python
return img_tensor,mask_tensor
问148:为什么要返回元组?
答148:PyTorch的DataLoader期望每个样本返回(输入, 标签)的格式。
问149:返回的张量形状分别是什么?
答149:img_tensor可能是(C,H,W),mask_tensor是(H,W)。
问150:这个返回值会被谁使用?
答150:被DataLoader调用,用于构建训练批次。
问151:如果返回格式不对会怎样?
答151:DataLoader无法正确处理,训练时会报错。
第128-130行:定义数据集长度
python
def __len__(self):
return len(self.img)
问152:__len__是什么特殊方法?
答152:Python魔法方法,使对象支持len()函数调用。
问153:PyTorch为什么需要知道数据集长度?
答153:DataLoader需要知道总样本数来计算批次数量和采样策略。
问154:返回什么值?
答154:返回图像列表的长度,即数据集中的样本总数。
问155:为什么用self.img而不是self.mask?
答155:两者长度应该相同,用哪个都可以,img更直观。
第133-137行:数据集分割
python
s=500
train_img=img_path[:s]
train_label=mask_path[:s]
test_img=img_path[s:]
test_label=mask_path[s:]
问156:为什么选择500作为分割点?
答156:可能是根据数据集大小经验选择的训练集大小。
问157:这种分割方式有什么问题?
答157:没有随机打乱,可能导致训练集和测试集分布不均。
问158:[😒]和[s:]的含义分别是什么?
答158:[😒]取前s个元素,[s:]取从第s个到末尾的元素。
问159:为什么不用sklearn的train_test_split?
答159:这是简单的固定分割,可能是为了快速测试。
问160:医学数据分割时需要考虑什么特殊因素?
答160:要确保同一患者的数据不会同时出现在训练集和测试集中。
第139-140行:创建数据集对象
python
train_data=Liverdataset(train_img,train_label,img_transformer,label_transformer)
test_data=Liverdataset(test_img,test_label,img_transformer,label_transformer)
问161:为什么训练集和测试集用相同的变换?
答161:这里只做了基础变换,实际应用中训练集通常需要更多数据增强。
问162:数据增强对医学图像有什么特殊要求?
答162:不能改变解剖结构,如旋转、翻转需要谨慎使用。
问163:创建对象时发生了什么?
答163:执行__init__方法,存储路径和变换参数。
问164:这时图像数据被加载了吗?
答164:没有,只存储了路径,实际加载在__getitem__时进行。
第141行:检查数据集大小
python
len(train_data)
问165:这行代码的作用是什么?
答165:验证训练数据集的大小是否正确。
问166:期望看到什么结果?
答166:应该返回500,与前面设置的分割点一致。
问167:如果结果不是500说明什么?
答167:可能路径收集有问题,或者数据集创建失败。
第143-144行:创建数据加载器
python
dl_train=DataLoader(train_data,batch_size=8,shuffle=True)
dl_test=DataLoader(test_data,batch_size=8,shuffle=True)
问168:batch_size=8意味着什么?
答168:每次训练使用8个样本,这是小批量梯度下降。
问169:为什么选择8而不是其他数值?
答169:可能受到GPU内存限制,医学图像通常占用较多内存。
问170:shuffle=True的作用是什么?
答170:每个epoch随机打乱数据顺序,避免模型记住数据顺序。
问171:测试集为什么也要shuffle?
答171:测试时不需要shuffle,这里可能是复制粘贴导致的。
问172:DataLoader还做了什么其他工作?
答172:自动调用__getitem__和__len__,处理批次拼接等。
第146-147行:测试数据加载
python
img,label=next(iter(dl_test))
img.shape
问173:next(iter())是什么操作?
答173:获取数据加载器的第一个批次,用于测试。
问174:返回的img和label是什么?
答174:img是图像批次张量,label是标签批次张量。
问175:img.shape会显示什么?
答175:应该是(8, C, H, W),8是批次大小。
问176:为什么要检查shape?
答176:验证数据加载和批次构建是否正确。
第149-150行:再次测试并检查标签
python
img,label=next(iter(dl_test))
torch.unique(label[2])
问177:为什么要多次调用next(iter())?
答177:验证数据加载的一致性和随机性。
问178:label[2]表示什么?
答178:批次中第3个样本的标签图像。
问179:torch.unique(label[2])的目的是什么?
答179:查看该样本包含哪些类别,验证标签处理是否正确。
问180:期望看到什么结果?
答180:应该看到0-4范围内的整数,代表不同类别。
第153-162行:可视化数据
python
img,label=next(iter(dl_train))
plt.figure(figsize=(12,8))
for i,(img,label) in enumerate(zip(img[:4],label[:4])):
img=torch.squeeze(img).numpy()
label=label.numpy()
plt.subplot(2,4,i+1)
plt.imshow(img,cmap='gray')
plt.subplot(2,4,i+5)
plt.imshow(label)
问181:为什么只显示前4个样本?
答181:便于在有限空间内查看多个样本,4个是常见选择。
问182:enumerate()和zip()的作用分别是什么?
答182:enumerate提供索引,zip将图像和标签配对。
问183:torch.squeeze(img).numpy()做了什么?
答183:移除单维度并转换为numpy数组,便于显示。
问184:subplot(2,4,i+1)的布局是什么?
答184:2行4列的子图布局,上行显示图像,下行显示标签。
问185:为什么要可视化训练数据?
答185:检查数据预处理是否正确,图像和标签是否对应。
第164行:导入分割模型库
python
import segmentation_models_pytorch as smp
问186:segmentation_models_pytorch是什么?
答186:一个专门用于图像分割的PyTorch库,提供预训练模型。
问187:为什么使用第三方库而不是自己实现?
答187:节省开发时间,使用经过验证的高质量实现。
问188:smp库有什么优势?
答188:提供多种架构(UNet、DeepLab等)和预训练权重。
问189:在医学图像分割中,使用预训练模型合适吗?
答189:需要谨慎,因为预训练通常基于自然图像,域差异较大。
第166-171行:创建UNet模型
python
model = smp.Unet(
encoder_name="resnet34", # choose encoder, e.g. mobilenet_v2 or efficientnet-b7
#encoder_weights="imagenet", # use `imagenet` pre-trained weights for encoder initialization
in_channels=1, # model input channels (1 for gray-scale images, 3 for RGB, etc.)
classes=5, # model output channels (number of classes in your dataset)
)
问190:UNet是什么模型架构?
答190:一种编码器-解码器结构,专门为医学图像分割设计。
问191:为什么选择resnet34作为编码器?
答191:ResNet34提供良好的特征提取能力,且计算量适中。
问192:为什么注释掉了encoder_weights?
答192:可能发现ImageNet预训练权重对医学图像效果不好。
问193:in_channels=1说明什么?
答193:输入是单通道灰度图像,符合医学图像特点。
问194:classes=5对应什么?
答194:5个分割类别,与之前定义的像素值映射一致。
问195:UNet的编码器-解码器结构有什么优势?
答195:能够捕获多尺度特征,保持空间细节信息。
第173-175行:测试模型输出
python
img,label=next(iter(dl_test))
y_pred = model(img)
y_pred.shape
问196:为什么要测试模型输出?
答196:验证模型能否正常前向传播,输出形状是否正确。
问197:y_pred.shape应该是什么?
答197:应该是(8, 5, 256, 256),批次×类别×高×宽。
问198:此时的y_pred是什么含义?
答198:每个像素对每个类别的未归一化预测分数(logits)。
问199:如果shape不对说明什么?
答199:模型配置有误,需要检查输入输出设置。
第178行:模型移至GPU
python
model = model.to('cuda')
问200:为什么要移动到GPU?
答200:利用GPU并行计算能力,大幅加速训练过程。
问201:如果没有GPU会怎样?
答201:会报错,应该先检查CUDA是否可用。
问202:.to('cuda')做了什么?
答202:将模型的所有参数和缓存移动到GPU内存。
问203:数据也需要移动到GPU吗?
答203:是的,训练时需要确保模型和数据在同一设备上。
第181行:定义损失函数
python
loss_fn=nn.CrossEntropyLoss()
问204:为什么选择交叉熵损失?
答204:适合多类分类问题,医学图像分割本质上是像素级分类。
问205:交叉熵损失如何计算?
答205:-log(softmax(predicted_class)),惩罚错误预测。
问206:医学图像分割还有其他损失函数选择吗?
答206:有Dice Loss、Focal Loss等,专门处理类别不平衡问题。
问207:为什么不用Dice Loss?
答207:交叉熵更通用,Dice Loss在某些情况下可能不稳定。
第183行:定义优化器
python
optimizer=torch.optim.Adam(model.parameters(),lr=0.001)
问208:为什么选择Adam优化器?
答208:Adam结合了动量和自适应学习率,通常收敛更快更稳定。
问209:lr=0.001是如何选择的?
答209:这是常用的默认学习率,可能需要根据实际情况调整。
问210:model.parameters()包含什么?
答210:包含模型中所有可训练的权重和偏置参数。
问211:学习率过大或过小会怎样?
答211:过大可能不收敛,过小可能收敛太慢或陷入局部最优。
第185行:导入进度条库
python
from tqdm import tqdm
问212:tqdm的作用是什么?
答212:显示循环进度条,让用户了解训练进度。
问213:为什么需要进度条?
答213:深度学习训练时间长,进度条提供视觉反馈。
问214:tqdm对性能有影响吗?
答214:影响很小,但在性能关键场景下可以关闭。
第186行:定义训练函数
python
def fit(epoch, model, trainloader, testloader):
问215:为什么要定义训练函数?
答215:封装训练逻辑,便于重复调用和代码组织。
问216:参数中epoch的作用是什么?
答216:当前训练轮次,用于日志输出和学习率调度。
问217:为什么同时传入训练和测试加载器?
答217:每个epoch既要训练又要验证,评估模型性能。
第187-190行:初始化训练指标
python
correct = 0
total = 0
running_loss = 0
epoch_iou = []
问218:这些变量分别记录什么?
答218:correct记录正确像素数,total记录总像素数,running_loss累计损失,epoch_iou记录IoU分数。
问219:为什么要统计这些指标?
答219:监控训练效果,判断模型是否正常学习。
问220:IoU是什么指标?
答220:Intersection over Union,交并比,衡量分割质量的常用指标。
问221:为什么用列表存储IoU?
答221:每个批次计算一次IoU,最后求平均值。
第192行:设置训练模式
python
model.train()
问222:model.train()的作用是什么?
答222:将模型设置为训练模式,启用Dropout、BatchNorm等训练行为。
问223:训练模式和评估模式有什么区别?
答223:训练模式下Dropout起作用,BatchNorm使用当前批次统计。
问224:忘记设置训练模式会怎样?
答224:可能导致训练效果差,特别是使用Dropout的模型。
第193行:开始训练循环
python
for x, y in tqdm(trainloader):
问225:这个循环在做什么?
答225:遍历训练数据的每个批次,进行前向传播和反向传播。
问226:x和y分别代表什么?
答226:x是输入图像批次,y是对应的标签批次。
问227:tqdm(trainloader)有什么效果?
答227:显示训练进度条,展示当前批次和剩余时间。
第195-196行:数据移至GPU
python
x, y = x.to('cuda'), y.to('cuda')
y_pred = model(x)
问228:为什么要将数据移到GPU?
答228:确保数据和模型在同一设备上,才能进行计算。
问229:.to('cuda')是否会复制数据?
答229:如果数据已在GPU上则不复制,否则会复制到GPU。
问230:model(x)执行了什么操作?
答230:模型的前向传播,计算预测结果。
第197-201行:计算损失和反向传播
python
loss = loss_fn(y_pred, y)
optimizer.zero_grad()
loss.backward()
optimizer.step()
问231:loss_fn(y_pred, y)计算的是什么?
答231:预测结果和真实标签之间的交叉熵损失。
问232:optimizer.zero_grad()为什么是必要的?
答232:PyTorch默认累积梯度,需要清零上一步的梯度。
问233:loss.backward()做了什么?
答233:反向传播,计算所有参数相对于损失的梯度。
问234:optimizer.step()的作用是什么?
答234:根据计算出的梯度更新模型参数。
问235:这四步的顺序能否改变?
答235:不能,这是标准的训练步骤,顺序固定。
第202行:开始无梯度计算
python
with torch.no_grad():
问236:torch.no_grad()的作用是什么?
答236:禁用梯度计算,节省内存和计算时间。
问237:为什么在训练中要禁用梯度?
答237:计算指标时不需要梯度,可以提高效率。
问238:这个上下文管理器何时结束?
答238:直到对应的代码块结束,通常是计算完指标后。
第203-206行:计算预测类别和准确率
python
y_pred = torch.argmax(y_pred, dim=1)
correct += (y_pred == y).sum().item()
total += y.size(0)
running_loss += loss.item()
问239:torch.argmax(y_pred, dim=1)做了什么?
答239:沿着类别维度找到最大值的索引,得到预测类别。
问240:dim=1为什么对应类别维度?
答240:y_pred形状是(N,C,H,W),dim=1是类别通道。
问241:(y_pred == y).sum().item()计算什么?
答241:预测正确的像素总数。
问242:y.size(0)代表什么?
答242:批次大小,即当前批次的样本数量。
问243:loss.item()的作用是什么?
答243:将tensor转换为Python数值,便于累积。
第208-211行:计算IoU指标
python
intersection = torch.logical_and(y, y_pred)
union = torch.logical_or(y, y_pred)
batch_iou = torch.sum(intersection) / torch.sum(union)
epoch_iou.append(batch_iou.item())
问244:这里计算的IoU有什么问题?
答244:将所有类别合并计算,应该分别计算每个类别的IoU。
问245:torch.logical_and()的作用是什么?
答245:逐元素逻辑与操作,找到预测和真实都为真的像素。
问246:为什么要除以union?
答246:IoU定义为交集除以并集,衡量重叠程度。
问247:这种IoU计算方式适合多类分割吗?
答247:不太适合,应该计算每个类别的IoU再平均。
第213-214行:计算训练指标
python
epoch_loss = running_loss / len(trainloader.dataset)
epoch_acc = correct / (total*256*256)
问248:为什么除以len(trainloader.dataset)?
答248:计算每个样本的平均损失。
问249:total256256表示什么?
答249:总像素数,total是样本数,256*256是每个样本的像素数。
问250:这种准确率计算有什么问题?
答250:像素级准确率可能高估性能,因为背景像素通常占大部分。
问251:更好的评估指标是什么?
答251:应该使用类别平衡的指标,如mIoU、Dice系数等。
第217-219行:初始化测试指标
python
test_correct = 0
test_total = 0
test_running_loss = 0
epoch_test_iou = []
问252:为什么要单独计算测试指标?
答252:评估模型在未见过数据上的泛化性能。
问253:测试指标和训练指标有什么区别?
答253:测试时模型不更新参数,纯粹评估性能。
第221行:设置评估模式
python
model.eval()
问254:model.eval()做了什么?
答254:设置为评估模式,关闭Dropout,BatchNorm使用全局统计。
问255:为什么测试时要用eval模式?
答255:确保模型行为一致,获得可重复的测试结果。
问256:忘记设置eval模式会怎样?
答256:Dropout仍然起作用,测试结果会有随机性。
第222行:测试时的无梯度计算
python
with torch.no_grad():
问257:测试时为什么要禁用梯度?
答257:测试不需要更新参数,禁用梯度节省内存和计算。
问258:这和训练时的no_grad有什么区别?
答258:测试时整个前向传播都不需要梯度,训练时只是指标计算不需要。
第223-230行:测试循环(与训练类似)
python
for x, y in tqdm(testloader):
x, y = x.to('cuda'), y.to('cuda')
y_pred = model(x)
loss = loss_fn(y_pred, y)
y_pred = torch.argmax(y_pred, dim=1)
test_correct += (y_pred == y).sum().item()
test_total += y.size(0)
test_running_loss += loss.item()
问259:测试循环和训练循环有什么主要区别?
答259:没有反向传播步骤(zero_grad、backward、step)。
问260:为什么测试时也要计算loss?
答260:监控模型在验证集上的损失变化,判断是否过拟合。
第232-235行:计算测试IoU
python
intersection = torch.logical_and(y, y_pred)
union = torch.logical_or(y, y_pred)
batch_iou = torch.sum(intersection) / torch.sum(union)
epoch_test_iou.append(batch_iou.item())
问261:测试IoU和训练IoU计算方式相同吗?
答261:是的,使用相同的计算逻辑。
问262:这种一致性有什么好处?
答262:确保训练和测试指标可比较。
第238-239行:计算测试平均指标
python
epoch_test_loss = test_running_loss / len(testloader.dataset)
epoch_test_acc = test_correct / (test_total*256*256)
问263:这些计算和训练指标一致吗?
答263:是的,保持计算方式一致便于比较。
第242-250行:打印训练结果
python
print('epoch: ', epoch,
'loss: ', round(epoch_loss, 3),
'accuracy:', round(epoch_acc, 3),
'IOU:', round(np.mean(epoch_iou), 3),
'test_loss: ', round(epoch_test_loss, 3),
'test_accuracy:', round(epoch_test_acc, 3),
'test_iou:', round(np.mean(epoch_test_iou), 3)
)
问264:为什么要打印这些指标?
答264:监控训练进度,及时发现问题。
问265:round(, 3)的作用是什么?
答265:保留3位小数,使输出更易读。
问266:np.mean(epoch_iou)计算什么?
答266:当前epoch所有批次IoU的平均值。
问267:如何判断训练是否正常?
答267:损失下降,准确率上升,训练测试指标差距不大。
第252行:返回指标
python
return epoch_loss, epoch_acc, epoch_test_loss, epoch_test_acc
问268:为什么要返回这些值?
答268:便于主训练循环记录和绘制训练曲线。
问269:还有其他指标值得返回吗?
答269:IoU指标也应该返回,用于更全面的性能分析。
第255行:设置训练轮数
python
epochs = 100
问270:为什么选择100个epoch?
答270:这是一个经验值,具体应根据验证集性能来早停。
问271:如何判断epoch数是否合适?
答271:观察验证集损失,当开始上升时说明过拟合,应停止训练。
问272:医学图像分割通常需要多少epoch?
答272:取决于数据量和模型复杂度,通常几十到几百个epoch。
问273:epoch过多会导致什么问题?
答273:过拟合,模型在训练集表现好但泛化能力差。
第257-260行:初始化记录列表
python
train_loss = []
train_acc = []
test_loss = []
test_acc = []
问274:为什么要记录这些历史数据?
答274:绘制训练曲线,分析训练过程,判断模型收敛情况。
问275:这些列表最终会包含多少个元素?
答275:每个列表包含100个元素,对应100个epoch的结果。
问276:还应该记录哪些指标?
答276:学习率变化、IoU变化、训练时间等。
第262-270行:主训练循环
python
for epoch in range(epochs):
epoch_loss, epoch_acc, epoch_test_loss, epoch_test_acc = fit(epoch,
model,
dl_train,
dl_test)
train_loss.append(epoch_loss)
train_acc.append(epoch_acc)
test_loss.append(epoch_test_loss)
test_acc.append(epoch_test_acc)
问277:这个循环的执行顺序是什么?
答277:每个epoch调用fit函数,然后记录返回的指标。
问278:fit函数的调用为什么跨多行?
答278:参数较多,分行书写提高可读性。
问279:如果训练中断怎么办?
答279:应该添加模型保存和恢复机制。
问280:如何优化这个训练循环?
答280:添加早停、学习率调度、模型检查点保存等。
第272-274行:获取测试批次
python
image, mask = next(iter(dl_train))
image=image.to('cuda')
model.eval()
问281:为什么训练完后要测试?
答281:可视化最终模型的预测效果。
问282:为什么用dl_train而不是dl_test?
答282:可能是想看模型在训练数据上的拟合效果。
问283:model.eval()的作用是什么?
答283:切换到评估模式,确保预测结果稳定。
第275-277行:模型预测
python
pred_mask = model(image)
image=torch.squeeze(image)
image.shape
问284:pred_mask包含什么?
答284:模型对每个像素每个类别的预测概率(logits)。
问285:为什么要squeeze image?
答285:移除批次维度,便于单张图像显示。
问286:image.shape用来确认什么?
答286:确认维度变换是否正确。
第279-285行:处理预测结果
python
mask=torch.squeeze(mask)
mask.shape
pred_mask
pred_mask.shape
pred_mask=pred_mask.cpu()
pred_mask.shape
问287:为什么要将pred_mask移到CPU?
答287:matplotlib显示需要CPU上的numpy数组。
问288:为什么要多次检查shape?
答288:调试代码,确保每一步的数据变换正确。
问289:这种调试方式是否高效?
答289:对于学习和调试有帮助,生产代码中应该简化。
第287-295行:可视化预测结果
python
num=3
plt.figure(figsize=(10, 10))
for i in range(num):
plt.subplot(num, 3, i*num+1)
plt.imshow(image[i].cpu().numpy(),cmap='gray')
plt.subplot(num, 3, i*num+2)
plt.imshow(mask[i].cpu().numpy())
plt.subplot(num, 3, i*num+3)
plt.imshow(torch.argmax(pred_mask[i].permute(1,2,0), axis=-1).detach().numpy())
问290:num=3表示显示几个样本?
答290:显示3个样本,每个样本3列(原图、真实标签、预测结果)。
问291:i*num+1的计算逻辑是什么?
答291:第i行第1列的子图索引,创建3x3的网格布局。
问292:为什么要permute(1,2,0)?
答292:将(C,H,W)转换为(H,W,C),适合argmax在最后一维操作。
问293:torch.argmax(axis=-1)做了什么?
答293:在类别维度上找最大值,得到每个像素的预测类别。
问294:.detach()的作用是什么?
答294:断开梯度连接,确保tensor可以转换为numpy。
问295:这种可视化能看出什么?
答295:模型的分割效果,是否正确识别了器官边界。
第297-311行:测试集可视化(重复代码)
python
image, mask = next(iter(dl_test))
image=image.to('cuda')
model.eval()
pred_mask = model(image)
image=torch.squeeze(image)
image.shape
mask=torch.squeeze(mask)
mask.shape
pred_mask
pred_mask.shape
pred_mask=pred_mask.cpu()
pred_mask.shape
num=3
plt.figure(figsize=(10, 10))
for i in range(num):
plt.subplot(num, 3, i*num+1)
plt.imshow(image[i].cpu().numpy(),cmap='gray')
plt.subplot(num, 3, i*num+2)
plt.imshow(mask[i].cpu().numpy())
plt.subplot(num, 3, i*num+3)
plt.imshow(torch.argmax(pred_mask[i].permute(1,2,0), axis=-1).detach().numpy())
问296:为什么要重复相同的可视化代码?
答296:分别查看训练集和测试集的预测效果。
问297:这种代码重复有什么问题?
答297:违反DRY原则,应该封装成函数。
问298:如何改进这段代码?
答298:定义一个可视化函数,接受数据加载器作为参数。
问299:测试集和训练集的可视化结果有什么意义?
答299:比较模型在已见和未见数据上的表现差异。
问300:如果测试集效果明显比训练集差说明什么?
答300:可能存在过拟合,需要调整模型或增加正则化。
总结性问题
问301:这段代码的整体流程是什么?
答301:数据加载→预处理→模型定义→训练→验证→可视化。
问302:代码中有哪些可以改进的地方?
答302:添加异常处理、代码去重、更好的评估指标、早停机制等。
问303:对于医学图像分割,这个实现有什么局限性?
答303:IoU计算不准确、缺少类别平衡处理、没有考虑医学图像特性等。
问304:如果要部署到生产环境,还需要什么?
答304:模型优化、推理加速、错误处理、性能监控等。
问305:从这个代码能学到什么深度学习的核心概念?
答305:数据预处理、模型训练循环、损失函数、优化器使用、评估指标等基础概念。