安装和使用Homer（linux）

先下载一个文件

http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl

将它上传到homer的文件夹中，如....../tools/homer/

进入该目录后，运行

perl configureHomer.pl -install

等待下载安装，会自动解析下载的压缩包

vi ~/.bash_profile # 修改./bash_profile 
PATH=$PATH:/mnt/.../tools/homer/bin/
source ~/.bash_profile 

使用时需要先激活一个有perl的环境/conda环境（如r4.2等），然后直接运行findMotifsGenome.pl

这里不会自动下载hg38，如果直接指定hg38会报错，因此可以直接用已下载的fasta文件

findMotifsGenome.pl /mnt/.../Human_Cluster5.bed /mnt/.../genome/hg38.fa /mnt/.../motif_results/Human_Cluster5 -size 200 -mask

knownResults.txt即是最终的结果