Docker 与 Singularity 镜像实战指南

生信领域有专门的"应用商店"，不要只在 Docker Hub 瞎撞。

Quay.io (Biocontainers):
- 地位：生信镜像的"金标准"。几乎所有 Conda 能装的软件，在这里都有对应的镜像。
- 网址：quay.io/search
- 技巧：搜索后进入 Tags 标签页。Biocontainers 镜像没有 latest 标签，必须复制那一串带哈希值的长标签（如 2.1.0--hdfd78af_0）。
Bioconda 官网:
- 网址：bioconda.github.io
- 技巧：搜索软件名，页面下方会直接给出该软件对应的 Quay.io 镜像拉取命令。
Docker Hub:
- 网址：hub.docker.com
- 地位：找官方大厂工具（如 broadinstitute/gatk, nvidia/cuda）。
nf-core Modules:
- 网址：nf-core/pipelines
- 地位：如果你想跑 sarek 等标准流程，直接在这里看它们官方推荐的镜像版本。

由于国内直接拉取 docker.io 或 quay.io 经常超时，建议使用镜像加速前缀。

Bash

复制代码

# 格式：代理前缀/原始路径:版本号
docker pull m.daocloud.io/biocontainers/fgbio:2.1.0--hdfd78af_0

Singularity 运行不需要 Root 权限，更适合超算集群。

Bash

复制代码

# 建议命名时带上版本号，方便复现
singularity pull fgbio_2.1.0.sif docker://quay.io/biocontainers/fgbio:2.1.0--hdfd78af_0

这部分可以做成博客里的核心对比图。

操作	Docker 命令	Singularity 命令
查看镜像	`docker images`	`ls *.sif` (就是个普通文件)
运行工具	`docker run --rm -v $PWD:/data 镜像ID fgbio ...`	`singularity exec fgbio.sif fgbio ...`
进入交互界面	`docker run -it 镜像ID /bin/bash`	`singularity shell fgbio.sif`
导出/保存	`docker save -o fgbio.tar 镜像ID`	`cp fgbio.sif /移动路径`
删除	`docker rmi 镜像ID`	`rm fgbio.sif`

导出到 Google 表格

解释：生信分析讲究"可重复性"。今天运行的 latest 和明年运行的 latest 如果软件版本变了，结果可能完全不同。因此，Biocontainers 强制要求使用具体版本号。

Docker ：默认是 root 权限，且容器内外文件系统隔离。必须用 -v 将宿主机的目录挂载进去，否则找不到数据。
Singularity ：默认使用当前登录用户权限，且自动挂载当前目录（ $PWD）和家目录（$ HOME）。这在处理 cfDNA 大文件时非常方便。

如果你本地有一个改好的 Docker 镜像想传到服务器用：

Bash

复制代码

# 将本地 Docker 守护进程里的镜像转为 SIF 文件
singularity build my_tool.sif docker-daemon:my_tool:v1.0