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python脚本:输入基因名,通过爬虫的方式获取染色体上的location。
python
def get_gene_location(gene_symbol):
server = "https://rest.ensembl.org"
ext = f"/lookup/symbol/homo_sapiens/{gene_symbol}?expand=1"
r = requests.get(server + ext, headers={ "Content-Type" : "application/json"})
if not r.ok:
r.raise_for_status()
return None
decoded = r.json()
return decoded['seq_region_name'], decoded['start'], decoded['end']