python脚本:输入基因名,通过爬虫的方式获取染色体上的location。

本团队提供生物医学领域专业的AI(机器学习、深度学习)技术支持服务。如果您有需求,请扫描文末二维码关注我们。


python脚本:输入基因名,通过爬虫的方式获取染色体上的location。

python 复制代码
def get_gene_location(gene_symbol):
    server = "https://rest.ensembl.org"
    ext = f"/lookup/symbol/homo_sapiens/{gene_symbol}?expand=1"

    r = requests.get(server + ext, headers={ "Content-Type" : "application/json"})

    if not r.ok:
        r.raise_for_status()
        return None

    decoded = r.json()
    return decoded['seq_region_name'], decoded['start'], decoded['end']

相关推荐
Red Red2 个月前
GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信
开发语言·数据库·笔记·学习·r语言·c#·生物信息
tRNA做科研2 个月前
Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握
linux·运维·服务器·生物信息·计算生物学
Red Red2 个月前
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础
数据库·笔记·学习·r语言·生物信息·geo数据库
Crayon小鱼干3 个月前
怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)
生物信息·juicer tools·.hic·hic数据·schic·contact matrix·交互矩阵
qq_214782614 个月前
新工具:轻松可视化基因组,部分功能超IGV~
机器学习·信息可视化·数据分析·生物信息
徐洲更hoptop5 个月前
使用ShinyCell展示你的单细胞数据
生物信息
qq_214782615 个月前
Python散点图矩阵代码模版
数据库·python·mysql·信息可视化·数据挖掘·数据分析·生物信息
陆沙6 个月前
gnuplot使用实例
开发语言·生物信息·gnuplot
丸丸丸子w7 个月前
生物信息学 GO、KEGG
生物信息·kegg