读文献先读图:GO弦图怎么看?

GO弦图(Gene Ontology Chord Diagram)是一种用于展示基因功能富集结果的可视化工具,通过弦状连接可以更直观的展示基因与GO term(如生物过程、分子功能等)之间的关联。

GO弦图解读

①内圈连线表示基因和生物过程之间的关联,相同颜色的连线表示这几种基因富集到该term上

②筛选出参与这些个生物过程的基因

③标注显著富集的GO term的名称和颜色标识

④不同颜色代表不同的GO term

GO弦图的适用场景与局限性

适用场景:

展示少量GO term(6-8个)及其关联基因,适合功能富集的概览

比较不同实验条件下的基因功能差异(如疾病vs正常样本)

局限性:

基因或GO term过多时图形易混乱,需缩写或调整字体

无法展示基因间复杂调控网络,需结合其他图表(如网络图)

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