Medsam学习笔记

1. Prompts

复制代码

是否可以请您参考PyTorch的文档格式和文档风格，使用Markdown格式为 `next_obs` 变量编写一段相应的文档说明呢？

1. Validating

1.1 Pre-processing [github]

2. Tools

2.1 pre_CT_MR.py

用于预处理 CT（Computed Tomography，计算机断层扫描）和 MR（Magnetic Resonance，磁共振成像）医学图像的脚本。该脚本将 NIfTI 格式（.nii.gz）的3D医学图像和标注转换为NumPy格式，并进行必要的预处理操作。

功能概述

该脚本执行以下主要功能：

数据格式转换 ：将 NIfTI 格式的 3D 医学图像和标注转换为 NumPy 格式（.npy 和 .npz）
图像预处理 ：
- CT 图像：应用窗口水平（Window Level）和窗口宽度（Window Width）调整
- MR 图像：使用百分位数进行强度裁剪
标注清理：移除指定的标签 ID，过滤小目标区域
数据裁剪：基于标注自动裁剪非零切片区域
尺寸调整：将每张切片调整到 1024×1024 像素
数据组织：按训练/验证集分割数据（默认使用前 40 个案例作为训练集）

输入数据格式要求

目录结构

脚本期望的输入目录结构如下：

bash 复制代码

data/FLARE22Train/
├── images/
└── labels/

文件格式要求

图像文件 ：NIfTI 格式（.nii.gz），3D 数组格式 (Z, H, W)
标注文件 ：NIfTI 格式（.nii.gz），3D 数组格式 (Z, H, W)，包含不同器官的标签 ID

输出数据格式

输出目录结构

脚本会在 npy_path 下创建以下目录结构：

复制代码

data/npy/CT_Abd/
├── imgs/
│   ├── CT_Abd_case001-000.npy
│   ├── CT_Abd_case001-001.npy
│   └── ...
├── gts/
│   ├── CT_Abd_case001-000.npy
│   ├── CT_Abd_case001-001.npy
│   └── ...
├── CT_Abd_case001.npz
├── CT_Abd_case001_img.nii.gz
├── CT_Abd_case001_gt.nii.gz
└── ...

输出文件说明

*.npy 文件 （在 imgs/ 和 gts/ 目录下）

格式：NumPy 数组文件
图像：形状为 (1024, 1024, 3)，数值范围 [0, 1]，float32 类型
标注：形状为 (1024, 1024)，uint8 类型

*.npz 文件

压缩的 NumPy 数组文件
包含以下键：
- imgs: 3D 图像数组 (Z, H, W)，uint8 类型
- gts: 3D 标注数组 (Z, H, W)，uint8 类型
- spacing: 图像的像素间距信息（来自原始 NIfTI 文件）

*_img.nii.gz 和 *_gt.nii.gz 文件

用于调试和检查的 NIfTI 格式文件
包含裁剪后的图像和标注
可以删除以节省存储空间

使用示例：CT 图像

准备数据：将 NIfTI 格式的图像和标注文件放置到指定目录
配置参数 ：在 pre_CT_MR.py 中修改路径和参数（如需要）
运行脚本 ：
bash 复制代码
```
python pre_CT_MR.py
```

注意事项

数据路径 ：确保 nii_path 和 gt_path 中的文件名能够正确匹配（通过 img_name_suffix 和 gt_name_suffix 构建）
磁盘空间 ：预处理后的 .npy 文件可能占用较大空间，确保有足够的存储空间
FLARE22：需要有110G以上的存储空间

3. 删除依赖日志

c-ares==1.19.1
ca-certificates==2024.3.11
conda-content-trust==0.2.0
conda-libmamba-solver==24.1.0
expat==2.6.2
libarchive==3.6.2
libcurl==8.7.1
libedit==3.1.20230828
libev==4.33
libffi==3.4.4
lz4-c==1.9.4
ncurses==6.4
openssl==3.0.13
pcre2==10.42
pybind11-abi==5
python==3.12.3
readline==8.2
reproc==14.2.4
reproc-cpp==14.2.4
sqlite==3.45.3
tk==8.6.14
torch==2.3.0+cu121
tzdata==2024a
xz==5.4.6
yaml-cpp==0.8.0
zlib==1.2.13
zstd==1.5.5