ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图

1. 效果图

2. 预处理及绘图

复制代码
# 输入数据
> head(dat)
  Species cid     variable value
1  setosa   1 Sepal.Length   5.1
2  setosa   2 Sepal.Length   4.9
3  setosa   3 Sepal.Length   4.7
4  setosa   4 Sepal.Length   4.6
5  setosa   5 Sepal.Length   5.0
6  setosa   6 Sepal.Length   5.4


# 预处理及绘图
row.num=nrow(iris)
dat=iris[1:row.num,] #假设有4个时间点,最后一列是聚类结果
dat$cid=rownames(dat) #很重要!用于 ggplot 的 group
head(dat)
#宽变长
dat = tidyr::gather(data = dat, key = "variable", value = "value", -c(Species, cid))
# or: 宽变长
#dat=reshape2::melt(dat)

# 限定x轴顺序
dat$variable=factor(dat$variable, levels = c('Sepal.Length', 'Sepal.Width', 'Petal.Length', 'Petal.Width'))
head(dat)
dim(dat)
ggplot(dat, aes(x=variable, y=value, group=cid, color=Species))+
  geom_hline(yintercept =4, linetype=2, size=0.5) +
  geom_line(size=0.3)+
  stat_summary(aes(group=1),fun.y=mean, geom="line", size=0.8, color="black")+
  facet_wrap(Species~.)+
  labs(x="Stage", y='Expression')+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.text = element_text(size=8, face = "bold"),
        axis.text.x=element_text(angle=60, hjust=1),
        strip.background = element_rect(fill="white"),
        strip.text = element_text(size = 8, face = "bold"))
相关推荐
郭不耐8 小时前
DeepSeek智能时空数据分析(三):专业级地理数据可视化赏析-《杭州市国土空间总体规划(2021-2035年)》
人工智能·信息可视化·数据分析·毕业设计·数据可视化·城市规划
Olafur_zbj12 小时前
【EDA】EDA中聚类(Clustering)和划分(Partitioning)
机器学习·数据挖掘·聚类
生信碱移15 小时前
大语言模型时代,单细胞注释也需要集思广益(mLLMCelltype)
人工智能·经验分享·深度学习·语言模型·自然语言处理·数据挖掘·数据可视化
xmyLydia20 小时前
🚀 封装通用线程池 + Prometheus 可视化任务耗时与成功率(实战记录)
kafka·数据可视化
BB_CC_DD20 小时前
四. 以Annoy算法建树的方式聚类清洗图像数据集,一次建树,无限次聚类搜索,提升聚类搜索效率。(附完整代码)
深度学习·算法·聚类
追逐☞1 天前
机器学习(7)——K均值聚类
机器学习·均值算法·聚类
图表制作解说(目标1000个图表)1 天前
ECharts散点图-散点图15,附视频讲解与代码下载
echarts·统计分析·数据可视化·散点图·大屏可视化
databook2 天前
『Plotly实战指南』--样式定制高级篇
python·数据分析·数据可视化
Mapmost2 天前
【数据可视化艺术·应用篇】三维管线分析如何重构城市"生命线"管理?
前端·数据可视化
Aloudata技术团队2 天前
Aloudata Agent :基于 NoETL 明细语义层的分析决策智能体
数据库·数据分析·数据可视化