随机森林分析:R语言轻松实现微生物组随机森林分析及重要变量的选择

数据和代码获取:请查看主页个人信息!!!

大家好!欢迎来到R语言数据分析视界。今天我来介绍微生物组执行随机森林分类分析的R语言操作方法。微生物组的随机森林分析可以用于研究微生物组的组成和功能与其他因素(如分组情况、疾病状态、环境因素等)之间的关联关系。

microeco包可以轻松实现随机森林分类分析,接下来我们来进行分析和可视化展示,首先载入本次绘图数据:

Step1:数据载入

复制代码
rm(list=ls())pacman::p_load(tidyverse,microeco,magrittr,data.table,aplot)# 载入数据feature_table <- fread('feature_table.csv') %>% column_to_rownames('ID')sample_table <- fread('sample_table.csv') %>% column_to_rownames('ID')tax_table <- fread('tax_table.csv') %>% column_to_rownames('ID')

Step2:创建microeco对象

复制代码
# 创建microtable对象dataset <- microtable$new(sample_table = sample_table,                          otu_table = feature_table,                           tax_table = tax_table)dataset

Step3:执行随机森林分类分析

复制代码
rf <- trans_diff$new(dataset = dataset,                      method = "rf",                      group = "Group",                      taxa_level = "Genus")rf

这里我们制定分类的变量为"Group",分类水平为"Genus"水平。

Step4:重要分类微生物可视化

复制代码
# plot the MeanDecreaseGini bar# group_order is designed to sort the groupsg1 <- rf$plot_diff_bar(use_number = 1:20,                        group_order = c("TW", "CW", "IW"))
# plot the abundance using same taxa in g1g2 <- rf$plot_diff_abund(group_order = c("TW", "CW", "IW"),                          select_taxa = rf$plot_diff_bar_taxa)
g1 %>%   insert_right(g2)

在随机森林中,MeanDecreaseGini表示每个特征对于模型的准确性的贡献程度。通过绘制柱状图,可以直观地展示每个特征的重要性排序,从而帮助识别哪些特征对于预测结果最为关键。同时绘制丰度图可以展示不同分类单位在微生物组中的相对丰度,从而帮助了解微生物组的组成特征。

Step5:差异分析

复制代码
t1 <- trans_diff$new(dataset = dataset,                      method = "anova",                      group = "Group",                      taxa_level = "Genus",                      filter_thres = 0.001)t1$plot_diff_abund(use_number = 1:10,                    add_sig = T,                    coord_flip = F)ggsave('pic1.png', width = 7, height = 5)

关键词"随机森林" 获得本期代码和数据。

相关推荐
想跑步的小弱鸡4 小时前
Leetcode hot 100(day 3)
算法·leetcode·职场和发展
xyliiiiiL5 小时前
ZGC初步了解
java·jvm·算法
爱的叹息6 小时前
RedisTemplate 的 6 个可配置序列化器属性对比
算法·哈希算法
Yolo566Q6 小时前
R语言、BIOMOD2丨物种分布模型研究进展与挑战
r语言
独好紫罗兰6 小时前
洛谷题单2-P5713 【深基3.例5】洛谷团队系统-python-流程图重构
开发语言·python·算法
每次的天空7 小时前
Android学习总结之算法篇四(字符串)
android·学习·算法
请来次降维打击!!!7 小时前
优选算法系列(5.位运算)
java·前端·c++·算法
qystca7 小时前
蓝桥云客 刷题统计
算法·模拟
别NULL8 小时前
机试题——统计最少媒体包发送源个数
c++·算法·媒体
weisian1518 小时前
Java常用工具算法-3--加密算法2--非对称加密算法(RSA常用,ECC,DSA)
java·开发语言·算法