医学影像数据集汇总分享

医学影像数据集汇总分享

一、前言

在深度学习领域,数据集的重要性不言而喻,因此本文对医学影像检测领域中公开的数据集进行了一个简要汇总,主要记录数据集的类型、数量等信息,并给出相应的下载地址。

本文主要借鉴了一个GitHub上开源的项目:医学影像数据集集锦,在其基础上进行了补充和完善。

本文主要根据检测任务的不同分别进行汇总,将数据集分为分类、定位、分割三种,内部根据数据量的大小进行逆序排序。

二、分类数据集

2.1NIH Chest X-ray胸部X射线图像数据集

数据集下载网页地址为:https://www.kaggle.com/datasets/nih-chest-xrays/data/data,界面如下:

参数 参数值
来源 National Institutes of Health
数量 共约112,120张
文件格式 图片:png格式,标签:csv格式
像素大小 1024×1024
类别 共8类
下载地址 https://www.kaggle.com/datasets/nih-chest-xrays/data/data
文件大小 45G(分为多个文件夹)

2.2CC-CCII肺部CT图像数据集

数据集下载网页地址为:http://ncov-ai.big.ac.cn/download,界面如下:

参数 参数值
来源 中国胸部CT图像研究联盟(China Consortium of Chest CT Image Investigation)
数量 共约58766张
文件格式 图片:jpg、png格式,标签:文件压缩包名即为标签
像素大小 512×512
类别 共三类:COVID-19 pneumonia、common pneumonia、normal
下载地址 http://ncov-ai.big.ac.cn/download
文件大小 53T(分为多个压缩包)

三、定位数据集

3.1NIH Chest X-ray胸部X射线图像数据集

数据集下载网页地址为:https://www.kaggle.com/datasets/nih-chest-xrays/data/data,界面如下:

参数 参数值
来源 National Institutes of Health
数量 共约880张
文件格式 图片:png格式,标签:csv格式
像素大小 1024×1024
类别 共1类
下载地址 https://www.kaggle.com/datasets/nih-chest-xrays/data/data
文件大小 图片分散,无法估计总大小

四、分割数据集

4.1CAMUS心脏超声图像数据集

数据集下载网页地址为:https://www.creatis.insa-lyon.fr/Challenge/camus/databases.html,界面如下:

参数 参数值
来源 University Hospital of St Etienne (France)
数量 共500×40=20,000张,共有500名病人,每名病人的超声影像文件可提取出40张图片
文件格式 图片:nii.gz格式,标签:nii.gz格式
像素大小 549×389
类别 背景,心脏区域
下载地址 https://humanheart-project.creatis.insa-lyon.fr/database/#collection/6373703d73e9f0047faa1bc8
文件大小 3.6G

4.2CC-CCII肺部CT图像数据集

数据集下载网页地址为:http://ncov-ai.big.ac.cn/download,界面如下:

参数 参数值
来源 中国胸部CT图像研究联盟(China Consortium of Chest CT Image Investigation)
数量 带有mask标记的共750张,总数共有21470张
文件格式 图片:jpg格式,标签:png格式
像素大小 512×512
类别 0: Background (BG)1: Lung field (LF)2: Ground-glass opacity (GGO)3: Consolidation (CO)
下载地址 https://download.cncb.ac.cn/covid-ct/ct_lesion_seg.zip
文件大小 844M

4.3Shenzhen Hospital胸部X射线图像数据集

数据集下载网页地址为:https://lhncbc.nlm.nih.gov/LHC-downloads/dataset.html,界面如下:

参数 参数值
来源 Shenzhen No.3 Hospital in Shenzhen, Guangdong providence, China
数量 带有mask标记的共336张,总数共有662张
文件格式 图片:png格式,标签:png格式
像素大小 像素大小不一致,3000×2900、2500×2500
类别 0: 背景,255: 病变区域,病变类型体现在文件名
下载地址 https://data.lhncbc.nlm.nih.gov/public/Tuberculosis-Chest-X-ray-Datasets/Shenzhen-Hospital-CXR-Set/Annotations/index.html
文件大小 约为3.5G

4.4Montgomery County胸部X射线图像数据集

数据集下载网页地址为:https://lhncbc.nlm.nih.gov/LHC-downloads/dataset.html,界面如下:

参数 参数值
来源 Department of Health and Human Services of Montgomery County, MD, USA
数量 共138张,每张有两个肺部区域分割标签
文件格式 图片:png格式,标签:png格式
像素大小 4000×4900
类别 0: 背景,255: 肺部区域,是否异常体现在文件名
下载地址 https://data.lhncbc.nlm.nih.gov/public/Tuberculosis-Chest-X-ray-Datasets/Montgomery-County-CXR-Set/MontgomerySet/index.html
文件大小 约为500M

4.5NLM Open-i Indiana Dataset胸部X射线图像数据集

数据集下载网页地址为:https://openi.nlm.nih.gov/faq#collection,界面如下:

参数 参数值
来源 National Library of Medicine(NLM) Indiana University
数量 带有mask标签的共55张,正向拍摄图片共3864张,正向拍摄图片共3689张
文件格式 图片:png格式,标签:tif格式
像素大小 2300×2800
类别 0: 背景,255: 肺部区域
下载地址 https://openi.nlm.nih.gov/imgs/collections/NLMCXR_png.tgz
文件大小 233M+1.3G

4.6LOLA11肺部CT图像数据集

数据集下载网页地址为:https://lola11.grand-challenge.org/Details/\](https://lola11.grand-challenge.org/Details/),界面如下:

参数 参数值
来源 LOLA11
数量 共约24,000张,但没有标签
文件格式 图片:mha格式,标签:Nan
像素大小 512×512
类别 Nan
下载地址 https://zenodo.org/records/4708800
文件大小 7.7G

参考文档

医学影像数据集集锦
NLM Lister Hill National Center for Biomedical Communications
胸部\肺部ct数据集
百度灵医智惠医疗AI影像能力再上新台阶
COVID-19 image data collection
Human Heart Project
Contrastive Pretraining for Echocardiography Segmentation with Limited Data
Medical Segmentation Decathlon

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