单细胞

文献阅读 | Preprint | scMarkerAgent：基于大语言模型证据智能体的细胞标志物图谱文献题目： scMarkerAgent：基于大语言模型证据智能体的细胞标志物图谱研究团队：曹晨（南京医科大学）发表时间： 2026-04-06 发表期刊：预印本 DOI： 10.21203/rs.3.rs-9224570/v1

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单细胞转录组数据可视化在查看单细胞数据的时候可以直接用cellxgene打开h5ad文件交互的查看，应该vs code就可以做端口转发。

拓扑与曲率双剑合璧：scGeom如何从单细胞数据中“看见”细胞命运论文信息标题：2309.07950v1拓扑与曲率双剑合璧：scGeom如何从单细胞数据中“看见”细胞命运

HD文章分享（正刊）--健康人肝脏的空间图谱—来自live donorsLSEC 来源的 WNT2 → 肝细胞上的 FZD5 / 成纤维细胞上的 FZD1。成纤维细胞与LSEC 来源的 RSPO3 → 肝细胞上的 LGR5/LGR4。

流式细胞术(FCM)的原理、应用与关键技术分析摘要：流式细胞术是一种对悬液中的单细胞或微粒进行快速、多参数定量分析与分选的技术。自其诞生以来，已广泛应用于免疫学、肿瘤学、血液学及细胞生物学等领域。本文系统阐述流式细胞术的基本原理、核心组件、关键技术参数，并综述其在基础研究与临床实践中的典型应用，最后探讨该技术的局限性与未来发展方向。

第12篇HD文章--射血分数保留的心力衰竭患者左心室心肌免疫细胞丰度正常

顶刊分享--由细菌-癌细胞相互作用决定的差异性肿瘤免疫

CosMx文献分享--空间同型聚类对癌细胞可塑性的抑制PAN（假栅栏区）集群：强烈表达缺氧应答基因。非PAN集群：高表达活性氧应答及细胞外基质/粘附基因。

内容复习--邻域分子聚类与邻域细胞聚类的生物学意义及异同

顶刊分享（空间TCR）--单次溶瘤病毒治疗后T细胞持续活化并对胶质母细胞瘤产生细胞毒性：一项临床试验结果淋巴聚集体：高表达CLEC2D、TGFB1；肿瘤区域：高表达CD276（B7-H3）、VEGFA、SPP1。

文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控

多组学顶刊--肿瘤源性氨可被调节性T细胞代谢利用，进而强化对机体抗肿瘤免疫反应的抑制效应机制解析：细胞死亡相关氨的来源是转脱氨作用

文献分享--机器学习与空间多组学揭示：乳酸如何重塑肿瘤微环境并驱动癌症进展

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空间转录组NMF降维分群非负矩阵分解(NMF)非负矩阵分解是一种降维技术，它将一个矩阵 V 分解为两个非负矩阵 W 和 H：V≈W×H

多组学扩展---分子对接pyrosetta

Cellular neighborhoods in cancer

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纯生信挖掘+6个样WB，发表IF=10文章一、写在前面最近发现一篇“有点意思”的文章，来自北京大学口腔医学院、国家口腔医学中心的作者挖掘整合分析了多个GEO数据的微阵列、Bulk RNA-seq通过四种机器学习算法筛选了159个核心DEGs后通过GEO中的scRNA-seq、空转数据挖掘进一步确定SASH1的细胞与空间定位情况，补了六个样本的细胞系WB实验后，就水灵灵的在25年12月发在了《INTERNATIONAL JOURNAL OF SURGERY》这一IF=10.1的期刊上。

TCGA数据下载问题解决TCGA GDC数据库是我们下载公共转录组数据的重要途径，有需要的可以查看2024年TCGA基因表达数据下载(最新版)

2026从单细胞多样本整合的分析细节开始

2025最后一天--解析依赖于空间位置的互作细胞亚群及下游功能效应