单细胞

追风少年ii5 天前
python·分类·数据分析·空间·单细胞
第12篇HD文章--射血分数保留的心力衰竭患者左心室心肌免疫细胞丰度正常
追风少年ii6 天前
人工智能·算法·数据分析·空间·单细胞
顶刊分享--由细菌-癌细胞相互作用决定的差异性肿瘤免疫
追风少年ii7 天前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
CosMx文献分享--空间同型聚类对癌细胞可塑性的抑制PAN(假栅栏区)集群:强烈表达缺氧应答基因。 非PAN集群:高表达活性氧应答及细胞外基质/粘附基因。
追风少年ii7 天前
分类·数据挖掘·空间·单细胞·cn
内容复习--邻域分子聚类与邻域细胞聚类的生物学意义及异同
追风少年ii11 天前
分类·数据挖掘·空间·单细胞·cn
顶刊分享(空间TCR)--单次溶瘤病毒治疗后T细胞持续活化并对胶质母细胞瘤产生细胞毒性:一项临床试验结果淋巴聚集体:高表达CLEC2D、TGFB1;肿瘤区域:高表达CD276(B7-H3)、VEGFA、SPP1。
追风少年ii11 天前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控
追风少年ii13 天前
python·分类·数据分析·空间·单细胞
多组学顶刊--肿瘤源性氨可被调节性T细胞代谢利用,进而强化对机体抗肿瘤免疫反应的抑制效应机制解析:细胞死亡相关氨的来源是转脱氨作用
追风少年ii17 天前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
文献分享--机器学习与空间多组学揭示:乳酸如何重塑肿瘤微环境并驱动癌症进展
Biomamba生信基地18 天前
r语言·单细胞·空间转录组
空间转录组NMF降维分群非负矩阵分解(NMF)非负矩阵分解是一种降维技术,它将一个矩阵 V 分解为两个非负矩阵 W 和 H:V≈W×H
追风少年ii1 个月前
python·数据分析·空间·单细胞
多组学扩展---分子对接pyrosetta
追风少年ii1 个月前
分类·数据挖掘·空间·单细胞·cn
Cellular neighborhoods in cancer
Biomamba生信基地2 个月前
机器学习·单细胞·空间转录组·微阵列·bulk rna-seq
纯生信挖掘+6个样WB,发表IF=10文章一、写在前面最近发现一篇“有点意思”的文章,来自北京大学口腔医学院、国家口腔医学中心的作者挖掘整合分析了多个GEO数据的微阵列、Bulk RNA-seq通过四种机器学习算法筛选了159个核心DEGs后通过GEO中的scRNA-seq、空转数据挖掘进一步确定SASH1的细胞与空间定位情况,补了六个样本的细胞系WB实验后,就水灵灵的在25年12月发在了《INTERNATIONAL JOURNAL OF SURGERY》这一IF=10.1的期刊上。
莘薪2 个月前
数据挖掘·生物信息学·单细胞·转录组·tcga
TCGA数据下载问题解决TCGA GDC数据库是我们下载公共转录组数据的重要途径,有需要的可以查看2024年TCGA基因表达数据下载(最新版)
追风少年ii2 个月前
数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
2026从单细胞多样本整合的分析细节开始
追风少年ii2 个月前
python·数据分析·空间·单细胞·培训
2025最后一天--解析依赖于空间位置的互作细胞亚群及下游功能效应
Bioinfo Guy2 个月前
大语言模型·单细胞·多组学·队列研究
开源scRNA Tools 2.|利用 BayesPrism 剔除微环境背景并识别肿瘤亚克隆特征BayesPrism(Bayesian cell Proportion Reconstruction Inferred using Statistical Marginalization)是一款基于全贝叶斯推断的R包,专为解析**肿瘤微环境(TME)的复杂性而设计。该工具旨在通过统计边缘化方法,利用单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据作为先验参考,从大量RNA-seq(bulk RNA-seq)**样本中联合估计细胞类型的组成比例以及特定细胞类型的基因表达谱。
diegoXie2 个月前
r语言·单细胞·seuratv5
Seurat V5 结构树和基础整合pipelineSeurat V5 相较于 V4 版本引入了 Layer 架构,使得多样本整合分析更加灵活高效。但是导致目前存在的R包、函数各种混乱,我对于结构树和基础分析pipeline做了一点整理
Biomamba生信基地2 个月前
开发语言·r语言·单细胞·空间转录组·biomamba生信基地
用R语言画生信基地圣诞树~生信基地圣诞树~MERRY CHRISTMAS写在前面祝大家圣诞节快乐!Merry Christmas!愿大家在这冬日里邂逅所有美好与惊喜,科研顺利,文章多多~
kangk122 个月前
单细胞
空间转录组上游(Space Ranger)空间转录组(Spatial Transcriptomics, ST)技术在传统转录组与单细胞转录组的基础上,引入了空间位置信息,使研究者能够在组织结构背景下解析基因表达模式。相较于下游分析中对空间结构、生物学机制的深入挖掘,上游分析的核心目标在于:将测序原始数据转换为高质量、可用于空间建模和生物学解释的表达矩阵与空间坐标信息。
kangk122 个月前
数据挖掘·单细胞
单细胞转录组分析流程十一(细胞通讯,cellchat,单样本)基于 CellChat v2.20在单细胞转录组数据中,每个细胞并不是孤立存在的,它们会不断通过分泌信号分子、表达受体等方式进行“交流”。这些交流就像细胞之间的“语言”,决定了组织如何维持稳态、免疫细胞如何启动反应、发育过程中细胞如何分化成不同谱系。