单细胞

追风少年ii4 天前
数据分析·空间·单细胞
文献分享(xenium 5k)--跨物种单细胞肾脏表观基因组图谱揭示疾病中以上皮为主的衰老样状态表观遗传衰老是慢性疾病的标志。虽然这种表观遗传变化可以在组织损伤后出现,但受影响的细胞类型在很大程度上仍不清楚。本研究构建了来自健康、损伤(人类)和衰老(小鼠)肾脏的DNA甲基化、染色质可及性和转录谱的跨物种单细胞多组学图谱。研究发现,患病肾脏中的肾小管上皮细胞表现出显著的加速表观遗传衰老,并表明这种病理状态反映了衰老过程中观察到的转录轨迹,由缺乏CpG岛的谱系特异性基因的优先失调驱动。在空间上,这些表观遗传变化映射到未解决修复的病理生态位。单细胞DNA甲基化和3D基因组架构的联合分析揭示,疾病中的上皮修
追风少年ii4 天前
数据分析·空间·单细胞
文献分享--人类面部多样性背后的细胞类型和调控元件图谱人类遗传多样性产生了惊人的面部形状多样性,而颅面畸形是最常见的出生缺陷之一。识别介导基因组影响面部变异的细胞机制仍然是一个挑战。研究构建了一个跨越胚胎第6-11周的多模态面部图谱,提供单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学,全部在单细胞分辨率下。研究表征了56种细胞状态,在空间和时间上绘制了间充质亚型及其基因-增强子顺式调控景观。基因表达与面部特征的关联在早期间充质祖细胞中最强,逐渐变得更加区域限制。自相关分析揭示了定义间充质空间邻域的 patterning 基因,可能解释其附近变异的特征特异性。关键
爱基百客4 个月前
数据库·单细胞·单细胞分析
植物单细胞配受体数据库:PlantCellChatDB详解植物无法像动物一样移动,却能在复杂多变的环境中顽强生长、精准发育并灵活应对胁迫,关键就在于它们拥有一套精密的细胞间通讯网络。从种子萌发、器官分化到开花结实,从抵御病虫害到耐受干旱、盐碱与极端温度,植物体内无时无刻不在进行着短距离与长距离的信号传递,让不同细胞、组织和器官“步调一致”。
追风少年ii4 个月前
数据分析·空间·单细胞·培训
课前准备--肿瘤细胞邻域分类
yingjie1104 个月前
单细胞·scanpy
Scanpy 多样本整合分析:批次效应校正实战单细胞分析中最容易被忽略、又最容易踩坑的环节——批次效应(Batch Effect)。同一个实验,不同跑胶日期、不同操作人员、不同测序批次,都可能引入系统性偏差。如果不校正,你看到的"差异"可能只是技术噪声。
Tiger Z5 个月前
ai·生物信息·文献阅读·单细胞
文献阅读 | Preprint | scMarkerAgent:基于大语言模型证据智能体的细胞标志物图谱文献题目: scMarkerAgent:基于大语言模型证据智能体的细胞标志物图谱 研究团队: 曹晨(南京医科大学) 发表时间: 2026-04-06 发表期刊: 预印本 DOI: 10.21203/rs.3.rs-9224570/v1
纪伊路上盛名在5 个月前
信息可视化·生信·单细胞·转录组
单细胞转录组数据可视化在查看单细胞数据的时候可以直接用cellxgene打开h5ad文件交互的查看,应该vs code就可以做端口转发。
生信之灵6 个月前
人工智能·深度学习·算法·单细胞·多组学
拓扑与曲率双剑合璧:scGeom如何从单细胞数据中“看见”细胞命运论文信息标题:2309.07950v1拓扑与曲率双剑合璧:scGeom如何从单细胞数据中“看见”细胞命运
追风少年ii6 个月前
数据分析·空间·单细胞
HD文章分享(正刊)--健康人肝脏的空间图谱—来自live donorsLSEC 来源的 WNT2 → 肝细胞上的 FZD5 / 成纤维细胞上的 FZD1。成纤维细胞与LSEC 来源的 RSPO3 → 肝细胞上的 LGR5/LGR4。
乐备实LabEx6 个月前
单细胞·fmc·流式细胞术·乐备实·labex·质谱流式
流式细胞术(FCM)的原理、应用与关键技术分析摘要:流式细胞术是一种对悬液中的单细胞或微粒进行快速、多参数定量分析与分选的技术。自其诞生以来,已广泛应用于免疫学、肿瘤学、血液学及细胞生物学等领域。本文系统阐述流式细胞术的基本原理、核心组件、关键技术参数,并综述其在基础研究与临床实践中的典型应用,最后探讨该技术的局限性与未来发展方向。
追风少年ii8 个月前
python·分类·数据分析·空间·单细胞
第12篇HD文章--射血分数保留的心力衰竭患者左心室心肌免疫细胞丰度正常
追风少年ii8 个月前
人工智能·算法·数据分析·空间·单细胞
顶刊分享--由细菌-癌细胞相互作用决定的差异性肿瘤免疫
追风少年ii8 个月前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
CosMx文献分享--空间同型聚类对癌细胞可塑性的抑制PAN(假栅栏区)集群:强烈表达缺氧应答基因。 非PAN集群:高表达活性氧应答及细胞外基质/粘附基因。
追风少年ii8 个月前
分类·数据挖掘·空间·单细胞·cn
内容复习--邻域分子聚类与邻域细胞聚类的生物学意义及异同
追风少年ii8 个月前
分类·数据挖掘·空间·单细胞·cn
顶刊分享(空间TCR)--单次溶瘤病毒治疗后T细胞持续活化并对胶质母细胞瘤产生细胞毒性:一项临床试验结果淋巴聚集体:高表达CLEC2D、TGFB1;肿瘤区域:高表达CD276(B7-H3)、VEGFA、SPP1。
追风少年ii8 个月前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控
追风少年ii8 个月前
python·分类·数据分析·空间·单细胞
多组学顶刊--肿瘤源性氨可被调节性T细胞代谢利用,进而强化对机体抗肿瘤免疫反应的抑制效应机制解析:细胞死亡相关氨的来源是转脱氨作用
追风少年ii8 个月前
大数据·数据挖掘·数据分析·空间·单细胞
文献分享--机器学习与空间多组学揭示:乳酸如何重塑肿瘤微环境并驱动癌症进展
Biomamba生信基地8 个月前
r语言·单细胞·空间转录组
空间转录组NMF降维分群非负矩阵分解(NMF)非负矩阵分解是一种降维技术,它将一个矩阵 V 分解为两个非负矩阵 W 和 H:V≈W×H
追风少年ii8 个月前
python·数据分析·空间·单细胞
多组学扩展---分子对接pyrosetta